LDheatmap是一个在R语言中用于绘制SNP（Single Nucleotide Polymorphism）连锁不平衡（Linkage Disequilibrium）热图的包。SNP是遗传学研究中常见的基因变异类型，而LD则是指不同SNP之间的相关性。

绘制LD热图可以帮助我们理解SNP的分布模式及其之间的关联程度。LDheatmap包提供了一种简单而直观的方法来可视化SNP之间的连锁不平衡。通过使用颜色编码来表示不同SNP对之间的LD强度，热图可以帮助我们快速识别SNP块和关联SNP。

安装

# 从CRAN上安装LDheatmap以及从BioConductor上安装推荐的包

BiocManager::install(c("snpStats","rtracklayer","GenomicRanges","GenomInfoDb","IRanges"))
#Update all

# 从GitHub上安装
devtools::install_github("SFUStatgen/LDheatmap")
#显示* DONE (LDheatmap)才表示安装成功

注意：安装 LDheatmap 包需 C++ 编译器。
首先，查看~/.R/Makevars文件是否存在，如果不存在则新建。

编辑 Makevars 文件

CC = gcc
CXX = g++
CXX11 = g++

保存并关闭即可。然后重新安装。