<![CDATA[Nextflow流程]]>bacass-细菌组装和注释 
nextflow run bacass/main.nf \
  --input data/bacass_short.tsv \
 --kraken2db /ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/bacass/data/k2_standard_8gb_20210517.tar.gz \
--canu_mode -nanopore \
--dfast_config /ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/bacass/bacass/assets/test_config_dfast.py \
--outdir result \
-profile docker
  • 需要把nextflow_schema.json文件中的save_trimmed_fail参数的enum行删除
  • kraken2db参数需要下载好数据库，大约5.5G
]]>http://an.forum.genostack.com/topic/1053/nextflow流程RSS for NodeSat, 13 Jun 2026 10:43:46 GMTThu, 22 Feb 2024 02:25:39 GMT60<![CDATA[Reply to Nextflow流程 on Tue, 09 Apr 2024 07:42:14 GMT]]>quantms

定量质谱工作流程。目前支持具有 DDA-LFQ、DDA-Isobaric 和 DIA-LFQ 定量复杂实验设计的蛋白质组学实验。

nextflow run quantms/main.nf \
--outdir result \
--labelling_type  "label free sample" \
--input  '/ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/quantms/data/BSA_design_urls.tsv' \
--database  '/ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/quantms/data/18Protein_SoCe_Tr_detergents_trace_target_decoy.fasta' \
--posterior_probabilities  "fit_distributions" \
--search_engines  "msgf,comet" \
--decoy_string "rev" \
--add_triqler_output  true \
--protein_level_fdr_cutoff  1.0 \
--psm_level_fdr_cutoff  1.0 \
--acquisition_method  "dda" \
--quantify_decoys  true \
-profile docker
]]>http://an.forum.genostack.com/post/2562http://an.forum.genostack.com/post/2562Tue, 09 Apr 2024 07:42:14 GMT<![CDATA[Reply to Nextflow流程 on Mon, 26 Feb 2024 07:18:55 GMT]]>ampliseq-扩增子流程 
nextflow run ./ampliseq/main.nf \
--input /ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/data/Samplesheet.tsv \
--FW_primer GTGYCAGCMGCCGCGGTAA  \
--RV_primer GGACTACNVGGGTWTCTAAT \
--metadata /ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/data/Metadata.tsv \
--outdir ampliseq-result \
-profile docker
]]>http://an.forum.genostack.com/post/2503http://an.forum.genostack.com/post/2503Mon, 26 Feb 2024 07:18:55 GMT<![CDATA[Reply to Nextflow流程 on Thu, 22 Feb 2024 06:02:15 GMT]]>metatdenovo-宏转录组

nextflow run main.nf \
--input /ceph_disk2/data/hongyuan/mnt/data/278/metatdenovo/samplesheet.csv \
--skip_eukulele true
  • skip_eukulele 一定要设置，不然会报错（官方的bug）
  • 使用nextflow23.04版本跑不出dag文件，23.10版本可以跑出来但是平台不支持
]]>http://an.forum.genostack.com/post/2496http://an.forum.genostack.com/post/2496Thu, 22 Feb 2024 06:02:15 GMT