qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path ${Data} \
--input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt \
--output-path atcc-paired-end.qza

• type:导入数据的类型，双端fastq文件必须为 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]'
• input-path:应导入的文件或目录的路径。双端fastq文件必须为父级目录，相对路径或全路径均可
• input-format:输入格式（暂指定CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt ）
• output-path:输出文件路径，文件名可自定义，文件类型为.qza文件

# type参数在其它文件类型中可能的取值列表
DeblurStats
DistanceMatrix
EMPPairedEndSequences
EMPSingleEndSequences
ErrorCorrectionDetails
FeatureData[AlignedSequence]
FeatureData[Differential]
FeatureData[Importance]
FeatureData[PairedEndSequence]
FeatureData[Sequence]
FeatureData[Taxonomy]
FeatureTable[Balance]
FeatureTable[Composition]
FeatureTable[Frequency]
FeatureTable[PercentileNormalized]
FeatureTable[PresenceAbsence]
FeatureTable[RelativeFrequency]
Hierarchy
MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence
MultiplexedSingleEndBarcodeInSequence
PCoAResults
Phylogeny[Rooted]
Phylogeny[Unrooted]
Placements
QualityFilterStats
RawSequences
SampleData[AlphaDiversity]
SampleData[BooleanSeries]
SampleData[ClassifierPredictions]
SampleData[DADA2Stats]
SampleData[FirstDifferences]
SampleData[JoinedSequencesWithQuality]
SampleData[PairedEndSequencesWithQuality] #双端含质量信息（fastq）文件
SampleData[Probabilities]
SampleData[RegressorPredictions]
SampleData[SequencesWithQuality]
SampleData[Sequences]
SampleEstimator[Classifier]
SampleEstimator[Regressor]
SeppReferenceDatabase
TaxonomicClassifier
UchimeStats
# input-format 参数在可能的取值列表
AlignedDNAFASTAFormat
AlignedDNASequencesDirectoryFormat
AlphaDiversityDirectoryFormat
AlphaDiversityFormat
BIOMV100DirFmt
BIOMV100Format
BIOMV210DirFmt
BIOMV210Format
BooleanSeriesDirectoryFormat
BooleanSeriesFormat
CasavaOneEightLanelessPerSampleDirFmt
CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt
DADA2StatsDirFmt
DADA2StatsFormat
DNAFASTAFormat
DNASequencesDirectoryFormat
DeblurStatsDirFmt
DeblurStatsFmt
DifferentialDirectoryFormat
DifferentialFormat
DistanceMatrixDirectoryFormat
EMPPairedEndCasavaDirFmt
EMPPairedEndDirFmt
EMPSingleEndCasavaDirFmt
EMPSingleEndDirFmt
ErrorCorrectionDetailsDirFmt
FastqGzFormat
FirstDifferencesDirectoryFormat
FirstDifferencesFormat
HeaderlessTSVTaxonomyDirectoryFormat
HeaderlessTSVTaxonomyFormat
ImportanceDirectoryFormat
ImportanceFormat
LSMatFormat
MultiplexedPairedEndBarcodeInSequenceDirFmt
MultiplexedSingleEndBarcodeInSequenceDirFmt
NewickDirectoryFormat
NewickFormat
OrdinationDirectoryFormat
OrdinationFormat
PairedDNASequencesDirectoryFormat
PairedEndFastqManifestPhred33
PairedEndFastqManifestPhred33V2
PairedEndFastqManifestPhred64
PairedEndFastqManifestPhred64V2
PlacementsDirFmt
PlacementsFormat
PredictionsDirectoryFormat
PredictionsFormat
ProbabilitiesDirectoryFormat
ProbabilitiesFormat
QIIME1DemuxDirFmt
QIIME1DemuxFormat
QualityFilterStatsDirFmt
QualityFilterStatsFmt
SampleEstimatorDirFmt
SeppReferenceDirFmt
SingleEndFastqManifestPhred33
SingleEndFastqManifestPhred33V2
SingleEndFastqManifestPhred64
SingleEndFastqManifestPhred64V2
SingleLanePerSamplePairedEndFastqDirFmt
SingleLanePerSampleSingleEndFastqDirFmt
TSVTaxonomyDirectoryFormat
TSVTaxonomyFormat
TaxonomicClassiferTemporaryPickleDirFmt
UchimeStatsDirFmt
UchimeStatsFmt

去噪

qiime dada2 denoise-paired \
--i-demultiplexed-seqs ${AtccPairedEnd} \
--p-trim-left-f 17 \
--p-trim-left-r 21 \
--p-trunc-len-f 300 \
--p-trunc-len-r 300 \
--o-table atcc_table.qza \
--o-representative-sequences atcc_seqs.qza \
--o-denoising-stats atcc_stats.qza

• --i-demultiplexed-seqs 双端序列数据工件（.qza）
• --p-trim-left-f 整数，小于--p-trunc-len-f,由于质量较低，前向读取序列应被修剪的位置。这将修剪输入序列的5'端，这将是在第一个循环中被测序的基
• --p-trim-left-r 整数，小于--p-trunc-len-r,由于质量较低，应修剪反向读取序列的位置。这将修剪输入序列的5'端，这将是在第一个循环中被测序的基
• --p-trunc-len-f 整数，由于质量下降，前向读取序列应被截断的位置。这将截断输入序列3'端，小于此值的read将被丢弃。应用此参数后，正向和反向读取之间必须至少有12个核苷酸重叠。如果提供0，则不执行截断或长度筛选
• --p-trunc-len-r 整数，由于质量下降而应截断反向读取序列的位置。这将截断输入序列的3'结尾，这将是在上一个循环中序列化的基。小于此值的读取将被丢弃。应用此参数后，正向和反向读取之间必须至少有12个核苷酸重叠。如果提供0，则不执行截断或长度筛选
• --o-table 输出otu table，.qza工件
• --o-representative-sequences 输出参数，.qza工件
• --o-denoising-stats 输出参数，.qza工件

特征表信息汇总(可以不在流程中执行)

qiime feature-table summarize \
--i-table ${AtccTable} \
--o-visualization atcc_summarize_from_table.qzv \
--m-sample-metadata-file ${MyMetadata}

• --i-table 去噪后的序列工件
• --o-visualization 输出可视化工件
• --m-sample-metadata-file 元数据文件

进化树

qiime phylogeny align-to-tree-mafft-fasttree \
--i-sequences ${AtccSeqs} \
--o-alignment alignment_from_seqs.qza \
--o-masked-alignment masked_alignment_from_seqs.qza \
--o-tree tree_from_seqs.qza \
--o-rooted-tree rooted_tree_from_seqs.qza

• --i-sequences 去噪后的序列数据工件，.qza
• --o-alignment 对齐的序列工件，.qza
• --o-masked-alignment 掩码对齐序列工件，.qza
• --o-tree 无根系统发育树工件.qza
• --o-rooted-tree 有根的系统发育树工件.qza

多样性pipeline

qiime diversity core-metrics-phylogenetic \
--i-phylogeny ${RootedTreeFromSeqs} \
--i-table ${AtccTable} \
--p-sampling-depth 1103 \
--m-metadata-file ${MyMetadata} \
--output-dir core-metrics-results  

• --i-phylogeny 从序列中构建的进化树数据工件，.qza
• --i-table 去噪后的序列工件，.qza
• --p-sampling-depth 采样深度，大于0，不超过样本中含序列数最多的序列数
• --m-metadata-file 元数据文件路径
• --output-dir 输出目录路径

特征表稀释

qiime feature-table rarefy \
--i-table ${atccTable} \
--p-sampling-depth ${samplingDepth} \
--p-with-replacement ${withReplacement} \
--o-rarefied-table rarefied_table.qza

• --i-table 要精简的特征表。.qza
• --p-sampling-depth 整数，采样深度，小于此深度的序列将被过滤
• --p-with-replacement bool值，默认False。从多项式分布中抽样来代替无替代的稀疏化
• --o-rarefied-table 输出工件，OTU表。.qza`

多样性

alpha

qiime diversity alpha \
--i-table ${rarefiedTable} \
--p-metric ${metric} \
--o-alpha-diversity ${metric}.qza

• --i-table 包含应计算α多样性的样本的特征表。.qza
• --p-metric 字符串，alpha多样性指标
• --o-alpha-diversity 包含每个样本α多样性的向量工件。.qza

基于发育树的alpha

qiime diversity alpha-phylogenetic \
--i-table ${rarefiedTable} \
--i-phylogeny ${rootedTreeFromSeqs} \
--p-metric faith_pd \
--o-alpha-diversity ${faithPd}

• --i-table 包含应计算α多样性的样本的特征表。.qza
• --i-phylogeny 系统发生树，包含与表中的特征标识符相对应的提示标识符。此树可以包含表中不存在的提示ID，但表中的所有功能ID都必须存在于该树中。.qza
• --p-metric 字符串，目前该指标只能为faith_pd
• --o-alpha-diversity 包含每个样本α多样性的向量工件。.qza

beta

qiime diversity beta \
--i-table ${rarefiedTable} \
--p-metric ${metric} \
--p-pseudocount ${pseudocount} \
--p-n-jobs ${jobs} \
--o-distance-matrix ${metric}

• --i-table 包含应计算beta多样性的样本的特征表。.qza
• --p-metric 字符串，多样性指标
• --p-pseudocount 用于处理零的组合度量的伪计数。对于aitchison之外的其他指标，该参数将被忽略
• --p-n-jobs 线程数，默认为1，必须小于系统可指定的最大线程数
• --o-distance-matrix 距离矩阵结果。.qza

基于发育树的beta

qiime diversity beta-phylogenetic \
--i-table ${rarefiedTable} \
--i-phylogeny ${rootedTreeFromSeqs} \
--p-metric ${metric} \
--p-variance-adjusted ${varianceAdjusted} \
--p-alpha float \
--p-bypass-tips ${bypassTips} \
--o-alpha-diversity ${metric}.qza

• --i-table 包含应计算beta多样性的样本的特征表。.qza
• --i-phylogeny 系统发生树，包含与表中的特征标识符相对应的提示标识符。此树可以包含表中不存在的提示ID，但表中的所有功能ID都必须存在于该树中。.qza
• --p-metric 字符串，beta多样性指标
• --p-variance-adjusted 布尔值，默认False
• --p-alpha 浮点数，此参数仅在度量的选择是generalized_unifrac时使用。alpha的值控制采样均匀的程度。1.0是加权标准化UniFrac。0.0接近于未加权的UniFrac，但前提是样本比例是两分的。
• --p-bypass-tips 布尔值，默认False。方差调整，基于给定节点样本之间相对丰度的比例加权距离。
• --o-alpha-diversity 距离矩阵结果。.qza