拆解说明

1） 首先肯定是找到一个SRA号啦

2） 登录 https://sra-explorer.info/? 网站，输入SRA号进行搜索

3）筛选需要下载的数据，并保存到 datasets 里

4）拷贝脚本命令

5） 到装有aspera的服务器上执行

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR828/SRR828261/SRR828261.fastq.gz . && mv SRR828261.fastq.gz SRR828261_The_population_structure_and_recent_colonization_history_of_Oregon_threespine_stickleback_determined_using_RAD-seq.fastq.gz

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR828/SRR828262/SRR828262.fastq.gz . && mv SRR828262.fastq.gz SRR828262_The_population_structure_and_recent_colonization_history_of_Oregon_threespine_stickleback_determined_using_RAD-seq.fastq.gz

脚本批量下载

# vim list.txt ,将SRR号粘贴到文件里，每行一个SRR号

srr_no=$(cat list.txt)
# 指定下载文件夹路径
base_dir="/data_raid1/gene_data/data_archive/radseq_sra070979"


for f in $srr_no
do
        filename=$base_dir/${f}.fastq.gz
        if [ ! -f $filename ];then
                ascp -QT -l 300m -P33001 -i \
                        ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
                        era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/${f:0:6}/${f}/${f}.fastq.gz . 
                echo "download over ${f}"
                if [ ! -f ${f}.fastq.gz ];then
                        echo "ascp raise error"
                else
                        mv ${f}.fastq.gz /data_raid1/gene_data/data_archive/radseq_sra070979/
                        echo "mv success"
                fi
        fi
done