Q
Survey评估和流式细胞仪评估有什么区别？
两者都可以对基因组的大小进行评估，Survey评估中的K-mer分析是从数学角度上进行分析的，得到的信息更为全面和准确。而流式则是通过实验的手段，主要通过已知内参物种基因组大小来评估被测物种的基因组大小。由于内参选择不同，实验预估基因组大小与实际会有一些偏差。

Q
做了基因组Survey是否就一定不用做流式了呢？
不是。我们一般建议老师在做Survey之前先做一下流式对基因组大小有个初步的预估。原因如下：K-mer分析中，我们把K-mer分布最多的峰为主峰，主峰前的1/2的峰称为杂合峰，把主峰后2倍的位置的峰称为重复峰。这时我们需要流式的结果来对我们的判断进行验证。根据不同峰计算的基因组大小不同，哪个和流式结果更加吻合哪个即是主峰。

Q
K-mer分析时，为何选的K-mer长度不一样？
一般来说，用来估计基因组大小的K-mer我们选取17-mer，其原因是ATCG四种不通过的碱基组成的长度为17的核苷酸片段有417~17G，足以覆盖一般的正常基因组；如果选择15的话，则只有1G的可能。对于正常基因组可能覆盖度不够，导致估计不准确，当然对于较大基因组>15G，我们会尝试采用19-mer进行评估。

由于Reads上存在错误碱基，K-mer并非越大越好，若K-mer选择的越大，则包含这个错误位点的K-mer的个数就会越多。

另外为了避免回文序列，K-mer分析选择K长度均为奇数。而对于高重复的重复，我们通常会选择一些长度较长的K-mer，这是因为较大的K-mer能够跨过一些高重复区域，对于组装具有较好的结果。