限制性内切酶的选择需要对目标物种的参考基因组（或已知BAC序列）进行系统分析，根据基因组GC含量、重复序列情况等信息选择合适的酶。

限制性内切酶有许多种，如8碱基酶Sbf I(CCTGCAGG)、6碱基酶EcoR I(GAATTC）等

这里列出一些4碱基酶：
Restriction Endonculeases

• AATT Tsp EI
• ACGT Mae II
• AGCT Alu I
• ATAT -
• CATG Nla III
• CCGG Hpa II
• CGCG Fnu DII
• CTAG Mae I
• GATC Mbo I
• GCGC Hha I
• GGCC Hae III
• GTAC Rsa I
• TATA -
• TCGA Taq I
• TGCA Cvi RI
• TTAA Mse I

见 https://www.mun.ca/biology/scarr/Restriction_endonucleases.html

更多信息

见:
http://rebase.neb.com/rebase/rebase.enz.html
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_restriction_enzyme_cutting_sites:_S