包括的模块及其内部结构：
1.Corelib 模块
核心基础模块，包括如下子模块：

• Application Framework
  
  该模块最重要的类是抽象类CNcbiApplication 该类定义了所有应用的生命周期类方法Init(), Run(), and Exit(). 以及AppMain()入口函数。

• Argument processing 参数处理
  辅助进行参数校验

• Diagnostics 诊断
  提供日志管理功能，日志可以设置 Information, Warning, Error, Critical, Fatal, or Trace.六种级别。

• Environment Interface环境变量
  设置和访问环境变量

• Files and Directories 文件和目录
  封装文件和目录访问类功能

• MT Test wrappers 对多线程的封装
  CThreadedApp 集成自 CNcbiApplication 提供了线程相关的接口。

• Object and Ref classes 对象和引用类

• Portability definitions 可移植的通用定义
  Int1, Uint1, Int2, Uint2, Int4, Uint4, Int8, Uint8

• Portable Exception Handling 可移植的异常处理

• Portable Process Pipes 可移植的进程管道

• Registry 配置参数管理

• STL Use Hints 提供各种可移植的宏定义
  如命名空间
  BEGIN_NAME_SPACE END_NAME_SPACE

• String Manipulations 字符串操作

• Template Utilities 模板工具 像一些数据结构工具
  list, vector, set, multiset, map or multimap

• Threads 线程

• Time 日期和时间

2. ALGORITHM 算法模块
   主要分三类：
   ALIGN:对齐比对算法。A set of global alignment algorithms, including generic Needleman-Wunsch, a linear-space Hirschberg’s algorithm and a spliced (cDna/mRna-to-Genomic) alignment algorithm.
   BLAST:Basic局部比对查询算法.(我们重点要用的算法)
   SEQUENCE.：不同的关于序列操作的算法 antigenic determinant prediction, CPG-island finder, ORF finder, string matcher and others.
   3.CGI(Common Gateway Interface)模块
   为编写CGI程序提供支持。主要用来支持HTTP报文的请求和响应。
   4.CONNECT 模块
   处理网络连接
   socket 连接器connector sendmail 线程池
   5.ctool模块
   为c++ toolkit 和 之前旧的 ctool 模块提供转换和桥接。
   6.DBAPI 模块（可以看看这个模块是否可以方便的连接HBase）
   为访问 RDBMS 提供封装。
   7..GUI 模块
   本身不提供GUI模块 可以集成第三方图形库，推荐 wxWidgets
   8.HTML模块
   动态生成HTML页面
   9.OBJECT MANAGER 对象管理器
   为访问序列(如GenBank中的序列)提供工具
   10.SERIAL 模块
   ASN.1 (text or BER encoding), XML, and JSON 格式处理。
   11.UTIL 模块
   Lightweight Strings
   Range Support
   Linked Sets
   Random Number Generator
   Registry based DNS
   Regular Expressions
   Resizing Iterator
   Rotating Log Streams
   Stream Support
   String Search
   Synchronized and blocking queue
   Thread Pools
   UTF 8 Conversion