<![CDATA[通过Hbase构建多组学融合数据库]]>nt:
accid
seq:seqt, seqd(没有该字段), taxid,seqs
accid:序列id 唯一标识
seqt:序列标题
seqd:序列描述(没有该字段)
seqs:核酸序列
taxid:物种id

可以支持的应用场景：
1.通过accid直接查询到该序列的信息
2.通过序列比对查询对应的物种
不能很好支持的场景：
3.通过物种id查询该物种的序列就需要遍历数据库 肯定很慢

单独存放一张表 存储物种和序列的对应关系:
tax:
taxid
tax:name,clade,son
seq:accid
clade 就是界门纲目科属种的描述 son为当前taxid的一级子节点
通过这种方式来解决问题3 这样做也可以方便我们初始化物种树 而且可以很方便知道这个物种当前有哪些序列 可以方便我们只blast某一个子集 例如只搜索动物、微生物

]]>http://an.forum.genostack.com/topic/265/通过hbase构建多组学融合数据库RSS for NodeSat, 13 Jun 2026 10:59:46 GMTMon, 29 Mar 2021 11:49:45 GMT60<![CDATA[Reply to 通过Hbase构建多组学融合数据库 on Tue, 30 Mar 2021 05:43:26 GMT]]>Introduction to Apache HBase(part 2) _ by Igor Skokov _ Medium.pdf
用hbase存储目录结构

]]>http://an.forum.genostack.com/post/521http://an.forum.genostack.com/post/521Tue, 30 Mar 2021 05:43:26 GMT<![CDATA[Reply to 通过Hbase构建多组学融合数据库 on Tue, 30 Mar 2021 04:04:46 GMT]]>https://www.sitepoint.com/hierarchical-data-database/
如何用数据库存储树状结构

]]>http://an.forum.genostack.com/post/520http://an.forum.genostack.com/post/520Tue, 30 Mar 2021 04:04:46 GMT