<![CDATA[通过序列比对的方式构建进化树]]>conda create aligners

1.序列比对
mafft --auto /mnt/hdfs/biodata/FMDV/sequences.fasta > fmdv_all.aln
2.裁剪
trimal -in fmdv_all.aln -out fmdv.aln.trimmed
3.建树
fasttree -gamma -nt -gtr -out fmdv.tree fmdv.aln.trimmed
整体下来1小时30分钟 10000多条序列

]]>http://an.forum.genostack.com/topic/295/通过序列比对的方式构建进化树RSS for NodeSat, 13 Jun 2026 09:37:55 GMTWed, 28 Apr 2021 01:33:14 GMT60