# 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分,
# 双端需要拆分
fastq-dump --split-e SRR3664239

参数说明

与拆分文件有关的参数

--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中
--split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃
--split-3 : 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里

注： --split-e参数 在新版本中更新为 --split-3

与输出序列ID有关的参数

区分 r1，r2,
@SRR5829230.1.1 1 length=36
@SRR5829230.1.2 1 length=36
注意： 有可能造成后续bwa报错

-I | --readids:

默认情况下输出的文件的ID都是SRR开头,但其实原始数据名字不是这样子,比如说
@ST-E00600:143:H3LJWALXX:1:1101:5746:1016 2:N:0:CCTCCTGA,
@HWI-ST620:248:HB11HADXX:2:1101:1241:2082#0/1这种. 
如果你想看到那种格式,而不是SRR,你需要怎么做呢?

F|--origfmt: 仅保留数据名字
--defline-seq <fmt>: 定义readsID的显示方式
--defline-qual <fmt>: 定义质量的显示方式

与输出有关的参数

--gzip, --bzip2: 压缩方式
-Z | --stdout : 输出到标准输出
-O|--outdir : 输出到指定文件夹

报错记录

2021-05-08T01:20:51 fastq-dump.2.10.8 err: directory unauthorized while creating directory within file system module - failed SRR3664239

=============================================================
An error occurred during processing.
A report was generated into the file '/home/bioinfo/ncbi_error_report.txt'.
If the problem persists, you may consider sending the file
to 'sra-tools@ncbi.nlm.nih.gov' for assistance.
=============================================================

fastq-dump quit with error code 3

原因:文件夹权限问题，或者硬盘空间不足