具体的组装方法有三种，选择最优的组装结果：

1. 二代数据和三代数据测序片段混合组装；
2. 二代数据和三代数据分别组装，然后再用分别组装后的结果在congtig水平再连接组装；
3. 二代数据组装，再用三代数据对二代组装的contig进行连接到scaffold水平。

http://www.biomarker.com.cn/archives/faq/1、真菌基因组二代三代具体是怎么组装的？