<![CDATA[loupe browser的功能分析]]>Loupe Browser.png
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]]>http://an.forum.genostack.com/topic/388/loupe-browser的功能分析RSS for NodeSat, 13 Jun 2026 14:28:29 GMTMon, 16 Aug 2021 06:16:26 GMT60<![CDATA[Reply to loupe browser的功能分析 on Mon, 16 Aug 2021 09:52:05 GMT]]>https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/visualization/latest/tutorial-reclustering
可以设置不同的过滤条件和阈值进行聚类。
这些不同的聚类结果应该保存成不同的成果，这些成果可以删除或者查看。

]]>http://an.forum.genostack.com/post/767http://an.forum.genostack.com/post/767Mon, 16 Aug 2021 09:52:05 GMT<![CDATA[Reply to loupe browser的功能分析 on Mon, 16 Aug 2021 09:45:52 GMT]]>案例四　探索子细胞类型
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通过特征基因进行过滤的方式　不断的分类
过滤这种方式和交互式分析中的drill（钻取）有点类似

]]>http://an.forum.genostack.com/post/766http://an.forum.genostack.com/post/766Mon, 16 Aug 2021 09:45:52 GMT<![CDATA[Reply to loupe browser的功能分析 on Mon, 16 Aug 2021 09:35:24 GMT]]>案例三　探索子结构
聚类的粒度可能比较大　可以通过子结构进行细化
这个例子用不规则选择工具Lasso Selection　在聚类图中选择不同的子类　然后做DE　查看这些子类的代表性基因。

]]>http://an.forum.genostack.com/post/765http://an.forum.genostack.com/post/765Mon, 16 Aug 2021 09:35:24 GMT<![CDATA[Reply to loupe browser的功能分析 on Mon, 16 Aug 2021 09:21:03 GMT]]>案例二　标识细胞类型
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进入基因表达模式后，可以输入特征基因(marker)，输入后，视图会展示高表达这些基因的细胞。例子中　CD79A/B　是B细胞的特征基因。特征基因应该有一个数据库？这个数据库需要调研下，最好能集成到系统中。

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在这个例子中还体现了另外一个功能：选择配色

]]>http://an.forum.genostack.com/post/764http://an.forum.genostack.com/post/764Mon, 16 Aug 2021 09:21:03 GMT<![CDATA[Reply to loupe browser的功能分析 on Mon, 16 Aug 2021 09:17:51 GMT]]>案例一 寻找有意义的基因
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/visualization/latest/tutorial-features
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首先进入分类模式，选择自定义的分类：正常人和病人
选择视图拆分，可以将聚类图分成正常和疾病两类。
选择DE分析，可以得到每个类别的高表达基因，这些基因就作为这些类别的代表性基因。

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