<![CDATA[scanpy详细研究]]>20d672bc-8cde-4f6e-abd7-6de627342553-image.png
mtx加载到系统后，会生成anndata对象
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var 是一个dataframe 注释的所有的变量（scanpy场景下即为基因）有1列 存储的是gene_ids
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obs也是一个dataframe 注释的是所有观察样本（scanpy场景下为barcodes 即细胞）该dataframe初始状态下是以barcode为索引的空dataframe
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X为numpy的一个稀疏矩阵类型(sparse matrix)
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]]>http://an.forum.genostack.com/topic/456/scanpy详细研究RSS for NodeSat, 13 Jun 2026 11:00:32 GMTWed, 24 Nov 2021 08:44:49 GMT60<![CDATA[Reply to scanpy详细研究 on Wed, 24 Nov 2021 09:02:05 GMT]]>gene_symbols和gene_ids
当读取数据的时候 默认设置用基因名还是ID作为列头 实际上scanpy会把这两个的对应关系作为第一个var保存下来 下面是使用gene_ids打开mtx的情况
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]]>http://an.forum.genostack.com/post/906http://an.forum.genostack.com/post/906Wed, 24 Nov 2021 09:02:05 GMT