https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/508/obtaining-uniquely-mapped-reads-from-bwa-mem-alignment

supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功，另一部分和参考区域2比对成功，参考区域1和参考区域2没有交集（或很少），那么一条read就会产生两条sam文件，

将其中的一条sam文件作为represent alignment，而另一条作为supplementary alignment （flag为2048）。

将上面的fastq文件去跑bwa，read有两条sam文件，第二条的flag值为2048：

2.bwa mem的-M -Y参数：

-M：mark shorter split hits as secondary。就是把supplemenary alignment 变为no primary（flag值256） 。下面是bwa mem -M的结果

-Y:use soft clipping for supplementary alignments。把默认的hard clip变为soft clip。hard clip 不会显示不匹配的碱基串，soft clip会显示不匹配的碱基串。下面是bwa mem -Y的结果（58H34M变为58S34M）

3.secondary(no primary)是指这条read在基因组上有多个匹配区域（>=2），可以是read是的同一部分有不同匹配区域，也可以是一条read上的不同区域。所以supplemenary aligment应该算是secondary的子集。

许多处理bam的软件不会去处理supplemenary（split alignments），比如Picard’s markDuplicates，所以可能需要用-M把supplemenary 转换为secondary。

https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360039568932--How-to-Map-and-clean-up-short-read-sequence-data-efficiently