1、芯片生信流程

包名称

dockerhub.genostack.com:8090/library/chip:v1.4

打包目录

/cephfs_data/images/gkchip-master

打包命令

$ docker build -t dockerhub.genostack.com:8090/library/chip:v1.4 .
$ docker push  dockerhub.genostack.com:8090/library/chip:v1.4

启动命令

$ docker run --rm -v  ${数据路径}:/root/run dockerhub.genostack.com:8090/library/chip:v1.4

2、lims

包名称

dockerhub.genostack.com:8090/library/gk_lims:v0.1

打包目录

/var/www/html/docker_app/guoke/lims

打包命令

$ docker build --network host -t dockerhub.genostack.com:8090/library/gk_lims:v0.1 .
$ docker push dockerhub.genostack.com:8090/library/gk_lims:v0.1

相关依赖

• lims数据库：/var/www/html/docker_app/guoke/lims/l.sql
• 数据库恢复命令： psql -h 103.114.101.5 -p 5435 -U postgres -d gk_l -f ./l.sql
• 胶图数据内部路径: /var/www/html/api/public/file 需要映射到实际目录中
• 下机数据存储路径：在env中配置（OFFLINE_DATA_PATH）当前目录和映射目录需要1:1 ，后续启用docker使用
• 内部使用docker:-v /usr/bin/docker:/usr/bin/docker -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock

项目ENV

APP_NAME=Laravel
APP_ENV=local
APP_KEY=base64:ECTKbTKnmvp9MbcnsXRbth/x17RgOAWVLO1Mk/EXWHU=
APP_DEBUG=true
APP_LOG_LEVEL=debug
APP_URL=http://103.114.101.5:1001  #项目地址，部署时使用

DOCKER_IMAGE_TAG=dockerhub.genostack.com:8090/library/chip:v1.4 #芯片流程包
OFFLINE_DATA_PATH=/var/www/html/api/Offline_data   #下机数据路径
GENETIC_INTERPRETATION_API="http://103.114.101.5:1000" #遗传解读系统的网址
AUTHORITY=  #是否使用sudo（无需配置，本地使用）

DB_CONNECTION=pgsql   #数据库相关配置
DB_HOST=103.114.101.5
DB_PORT=5435
DB_DATABASE=gk_l
DB_USERNAME=postgres
DB_PASSWORD=


REDIS_HOST=192.168.1.2 #redis相关配置
REDIS_PASSWORD=null
REDIS_PORT=6379

启动命令

$ docker run -itd --name=gk_lims \
        -v /usr/bin/docker:/usr/bin/docker -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
        -v /var/www/html/docker_app/guoke/lims/Offline_data:/var/www/html/api/Offline_data \
        -v /var/www/html/docker_app/guoke/lims/.env:/var/www/html/api/.env \
        -p 1001:80 dockerhub.genostack.com:8090/library/gk_lims:v0.1 /bin/bash

3、遗传解读系统

包名称

dockerhub.genostack.com:8090/library/gk_genetic_interpretation:v0.1

打包目录

/var/www/html/docker_app/guoke/geneticInterpretation

打包命令

$ docker build --network host -t dockerhub.genostack.com:8090/library/gk_genetic_interpretation:v0.1 . 
$ docker push dockerhub.genostack.com:8090/library/gk_genetic_interpretation:v0.1

相关依赖

• 数据库恢复命令： psql -h 103.114.101.5 -p 5435 -U postgres -d gk_g -f ./g.sql
• 用户头像:/var/www/html/api/public/userimg 需要映射到实际目录中
• 用户报告:/var/www/html/api/public/public/report/user 需要映射到实际目录中
• 拷贝数变异原始文件:/var/www/html/api/storage/copy_number_variation_path 需要映射到实际目录中
• 点突变原始文件 :/var/www/html/api/storage/point_mutation_path需要映射到实际目录中

项目ENV

APP_NAME=Laravel
APP_ENV=local
APP_KEY=base64:tWvvfjeoyXyapbpJDrady6AMuxi0ktLOoq0HUok4s+8=
APP_DEBUG=true
APP_URL=http://103.114.101.5:1000

LIMS_URL=http://192.168.1.2:1001/platformv1 #lims系统地址

DB_CONNECTION=pgsql   # 数据库配置
DB_HOST=103.114.101.5
DB_PORT=5435
DB_DATABASE=gk_g
DB_USERNAME=postgres
DB_PASSWORD=

REDIS_HOST=192.168.1.2 #redis 配置
REDIS_PASSWORD=null
REDIS_PORT=6379

MAIL_HOST=smtp.exmail.qq.com
MAIL_PORT=587
MAIL_USERNAME=name@xturing.cn
MAIL_ENCRYPTION=tls
MAIL_FROM_ADDRESS=name@xturing.cn
MAIL_FROM_NAME=遗传解读系统

启动命令

$ docker run -itd --name=geneticInterpretation \
        -v /var/www/html/docker_app/guoke/geneticInterpretation/.env:/var/www/html/api/.env \
        -p 1000:80 dockerhub.genostack.com:8090/library/gk_genetic_interpretation:v0.1 /bin/bash

4、postgres 10

数据库需要将两个数据库进行恢复
1、遗传解读
/var/www/html/docker_app/guoke/geneticInterpretation/g.sql
2、LIMS
/var/www/html/docker_app/guoke/lims/l.sql

5、redis