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      anneng 最后由 anneng 编辑

      https://github.com/zhujack/GEOmetadb/
      1728fca2-6c5a-47a4-9e3b-2c19f12dc019-image.png

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      • A
        anneng 最后由 编辑

        GEORAC: an RNA-seq Atlas Constructor for the
        Gene Expression Omnibus
        https://dc.uwm.edu/cgi/viewcontent.cgi?article=2880&context=etd

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          https://biopython.org/docs/1.75/api/Bio.Geo.html

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          • A
            anneng 最后由 编辑

            https://www.nature.com/articles/sdata2017125
            Precision annotation of digital samples in NCBI’s gene expression omnibus
            http://stargeo.org/ 对GEO的所有样本做了标签化注释

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            • A
              anneng 最后由 编辑

              https://academic.oup.com/bioinformatics/article/28/8/1184/194911
              RNA-Seq Atlas—a reference database for gene expression profiling in normal tissue by next-generation sequencing

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              • A
                anneng 最后由 编辑

                https://medicalgenomics.org/rna_seq_atlas

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                • A
                  anneng 最后由 anneng 编辑

                  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC6333964/
                  Restructured GEO: restructuring Gene Expression Omnibus metadata for genome dynamics analysis
                  http://www.regeo.org
                  对GEO做了文本挖掘增加了时间线和疾病功能
                  0d6fd331-fb50-4fa3-ae26-72e3236b1696-image.png

                  49527563-17ad-4750-a440-6e303df62e40-image.png

                  1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                  • A
                    anneng 最后由 anneng 编辑

                    https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-018-0490-8
                    Mining data and metadata from the gene expression omnibus
                    对GEO数据的挖掘做了详细分析
                    里面提到了一些二次挖掘的工具列表
                    https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-018-0490-8/tables/1
                    9f95cacb-3ab4-497b-b264-cd90db537f6f-image.png

                    metadata的三种提炼思路：
                    e605dda9-aef3-4dc0-908d-1eb7833fef5c-image.png

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                    • A
                      anneng 最后由 anneng 编辑

                      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC3531084/

                      GEO的描述论文
                      476dfd3c-118e-4abb-9eb8-17f735d2b1fc-image.png

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                      • A
                        anneng 最后由 anneng 编辑

                        一些可以用的git库

                        https://github.com/guma44/GEOparse
                        python实现 对标geoquery

                        https://github.com/jasdumas/shinyGEO

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                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          https://hepseq.org/a-content-based-dataset-recommendation-system-for-researchers-a-case-study-on-gene-expression-omnibus-geo-repository/

                          1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                          • A
                            anneng 最后由 编辑

                            https://imageo.genyo.es/#
                            对GEO进行meta-analysis分析
                            28bbb206-75be-4697-af97-f51ea331bce4-image.png

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