新冠进化树分析

zhanglu

新冠进化树分析

1. muscle(biocontainers/muscle:v1-3.8.1551-2-deb_cv1)
    muscle -in out.fa -out result.fa
    mafft(staphb/mafft:latest)
    mafft --maxiterate 1000 --localpair input.fa > result.fa

2. convert_afa_to_phy(phyutil:v1)
    python /root/trans.py（convert_afa_to_phy.py） result.fa 
3. raxmlHPC(biocontainers/raxml:v8.2.12dfsg-1-deb_cv1)
    raxmlHPC -d -p 12345 -m GTRGAMMAI -s result.phy -n txt