新冠单细胞数据分析样例 covid19_sc

anneng

https://github.com/RGLab/covid19_sc
该项目使用了renv 安装过程极其不顺利
1.conda 安装R
conda create -n r_env r-essentials r-base
该命令会安装一个较新的R版本
2.在 covid19_sc 执行R
renv::update()
renv::install()
安装过程中有几个包会报错

libsz 需要拷贝到conda环境
cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsz.* /home/bioinfo/miniconda3/envs/r_env/lib/

curl包需要安装这个库 而不是 libcurl4-openssl-dev
sudo apt install libcurl3

如果curl还有问题就自己编译

wget https://github.com/curl/curl/releases/download/curl-7_55_0/curl-7.55.0.tar.gz
./configure
make 
make install

anneng

conda install -c conda-forge fftw
由于jupyter的环境是在conda里面所以当报一些包找不到时用conda安装用apt安装可能路径不对还是找不到