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    从centrifuge的结果中提取某个物种的序列

    生物信息分析
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      anneng 最后由 编辑

      1.从报告中找到物种的ID
      less report.tsv | grep "coronavirus 2"

      2.从结果中将这些物种的结果导出
      less result.tsv | grep 2697049 > all_sars19.fastq

      3.获取seqid
      cut -f1 all_sars19.fastq > all_sars19.namelist

      4.提取序列
      seqtk subseq all.fastq all_sars19.namelist > all_sars19.fastq

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