kneaddata质控命令

ice-melt

kneaddata \
-i /mnt/data/tmp/9cc2e16f-8995-6363-d4ad-92150c43e838/data/ERR793597_S3_L002_R1_001.fastq.gz \
-i /mnt/data/tmp/9cc2e16f-8995-6363-d4ad-92150c43e838/data/ERR793597_S3_L002_R2_001.fastq.gz \
-o result -v -t 32 --max-memory 4096m \
--trimmomatic /home/bioinfo/miniconda2/envs/kneaddata/share/trimmomatic-0.39-1/ \
--trimmomatic-options 'ILLUMINACLIP:/home/bioinfo/miniconda2/envs/kneaddata/share/trimmomatic-0.39-1/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:40:15 SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50' \
--bowtie2-options '--very-sensitive --dovetail' -db /data_raid1/bioinfo/app/data/human/ --output-prefix a --log result/a.log

选项参数：

-h 显示帮助
-v 显示运行信息，方便观察运行进展和出错找原因
-i 为输入 fastq 文件，双端需输两次
-o 输出结果目录
-db 指定 bowtie2 索引
--trimmomatic 指定质控程序位置，默认为/usr/bin/trimmomatic-0.36.jar
--trimmomatic-options 质控选项，4 碱基滑窗，质量大于 20，最小长度 50
-t 设置线程数，不要超过 9
--bowtie2-options 比对选项
--remove-intermediate-output 清理中间文件