cromwell部署问题记录 "AF_UNIX path too long"

[zhanglu]

cromwell 问题记录 bug

AF_UNIX path too long

现象描述：当cromwell 配置文件未设置 temporary-directory时，系统默认值为
temporary-directory = "$(mktemp -d "$PWD"/tmp.XXXXXX)"

eg: /cromwell-executions/mngs_version_002/00c48cf7-f7d1-45c2-ac6e-aa5017e4900c/call-ThirdSeqQC_CCSQC

问题：在使用到Python mulitprocessing library时会因为目录过长报错
参考： https://github.com/broadinstitute/cromwell/issues/3647

解决办法：

配置文件添加：

    LocalExample {
      actor-factory = "cromwell.backend.impl.sfs.config.ConfigBackendLifecycleActorFactory"
      config {
        temporary-directory = "$(mktemp -d /tmp.XXXXXX)"
      }
    }

注意事项： 当使用到docker时，若指定用户 docker run --user $(id -u):$(id -g)...

则在设置temporary-directory 时需要注意该目录权限需要和指定呀用户一致。

方法：

    LocalExample {
      actor-factory = "cromwell.backend.impl.sfs.config.ConfigBackendLifecycleActorFactory"
      config {
        temporary-directory = "$(mktemp -d /cromwell-executions/tmp/tmp.XXXXXX)"
      }
    }