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      anneng 最后由 anneng 编辑

      Does GEO store raw data?
      Yes. GEO requires raw data, processed data and metadata. Raw data facilitates the unambiguous interpretation of the data and potential verification of conclusions. For microarray data, raw data may be supplied either within the Sample record data tables or as external supplementary data files, e.g., Affymetrix CEL. For high-throughput sequencing, GEO brokers the complete set of raw data files, e.g., FASTQ, to the SRA database on your behalf.

      GEO如果存的是NGS数据 那么原始数据在SRA上
      如何关联GEO和SRA？
      https://www.researchgate.net/figure/The-GEO-and-SRA-simple-search-interface-and-search-results-A-The-Simple-Search_fig1_337316408

      http://homer.ucsd.edu/homer/basicTutorial/retrieveFiles.html

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      • A
        anneng 最后由 编辑

        https://github.com/s-andrews/sradownloader
        A script to make downloading of SRA/GEO data easier

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          https://hbctraining.github.io/Accessing_public_genomic_data/lessons/downloading_from_SRA.html

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          • A
            anneng 最后由 编辑

            https://www.qlucore.com/import-and-analyze-public-data-from-sra-geo-and-tcga
            Import and analyze public data from SRA, GEO and TCGA

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            • A
              anneng 最后由 anneng 编辑

              https://www.nature.com/articles/s41598-019-43935-8
              GREIN: An Interactive Web Platform for Re-analyzing GEO RNA-seq Data

              https://github.com/uc-bd2k/GREP2
              GEO RNA-seq Experiments Processing Pipeline 一个R实现的pipeline 处理了geo的数据

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              • A
                anneng 最后由 编辑

                https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/10/21/geo-sra-dbgap-tracks-genome-data-viewer/
                View GEO, SRA, or dbGaP data tracks in NCBI’s Genome Data Viewer

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                • A
                  anneng 最后由 编辑

                  https://www.researchgate.net/publication/275970472_Investigation_into_the_annotation_of_protocol_sequencing_steps_in_the_Sequence_Read_Archive
                  SRA的表设计

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                  • A
                    anneng 最后由 anneng 编辑

                    https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2308-x
                    BART: bioinformatics array research tool

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                    • A
                      anneng 最后由 anneng 编辑

                      https://github.com/zhujack/GEOmetadb/
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                      • A
                        anneng 最后由 编辑

                        GEORAC: an RNA-seq Atlas Constructor for the
                        Gene Expression Omnibus
                        https://dc.uwm.edu/cgi/viewcontent.cgi?article=2880&context=etd

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                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          https://biopython.org/docs/1.75/api/Bio.Geo.html

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                          • A
                            anneng 最后由 编辑

                            https://www.nature.com/articles/sdata2017125
                            Precision annotation of digital samples in NCBI’s gene expression omnibus
                            http://stargeo.org/ 对GEO的所有样本做了标签化注释

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                            • A
                              anneng 最后由 编辑

                              https://academic.oup.com/bioinformatics/article/28/8/1184/194911
                              RNA-Seq Atlas—a reference database for gene expression profiling in normal tissue by next-generation sequencing

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                              • A
                                anneng 最后由 编辑

                                https://medicalgenomics.org/rna_seq_atlas

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                                • A
                                  anneng 最后由 anneng 编辑

                                  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC6333964/
                                  Restructured GEO: restructuring Gene Expression Omnibus metadata for genome dynamics analysis
                                  http://www.regeo.org
                                  对GEO做了文本挖掘增加了时间线和疾病功能
                                  0d6fd331-fb50-4fa3-ae26-72e3236b1696-image.png

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                                    anneng 最后由 anneng 编辑

                                    https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-018-0490-8
                                    Mining data and metadata from the gene expression omnibus
                                    对GEO数据的挖掘做了详细分析
                                    里面提到了一些二次挖掘的工具列表
                                    https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-018-0490-8/tables/1
                                    9f95cacb-3ab4-497b-b264-cd90db537f6f-image.png

                                    metadata的三种提炼思路：
                                    e605dda9-aef3-4dc0-908d-1eb7833fef5c-image.png

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                                      anneng 最后由 anneng 编辑

                                      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC3531084/

                                      GEO的描述论文
                                      476dfd3c-118e-4abb-9eb8-17f735d2b1fc-image.png

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                                        anneng 最后由 anneng 编辑

                                        一些可以用的git库

                                        https://github.com/guma44/GEOparse
                                        python实现 对标geoquery

                                        https://github.com/jasdumas/shinyGEO

                                        1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                        • A
                                          anneng 最后由 编辑

                                          https://hepseq.org/a-content-based-dataset-recommendation-system-for-researchers-a-case-study-on-gene-expression-omnibus-geo-repository/

                                          1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                          • A
                                            anneng 最后由 编辑

                                            https://imageo.genyo.es/#
                                            对GEO进行meta-analysis分析
                                            28bbb206-75be-4697-af97-f51ea331bce4-image.png

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