暗能星系
    • 登录
    • 搜索

    GEO 数据库

    数据库
    1
    21
    32
    正在加载更多帖子
    • 从旧到新
    • 从新到旧
    • 最多赞同
    回复
    • 在新帖中回复
    登录后回复
    此主题已被删除。只有拥有主题管理权限的用户可以查看。
    • A
      anneng 最后由 编辑

      https://www.qlucore.com/import-and-analyze-public-data-from-sra-geo-and-tcga
      Import and analyze public data from SRA, GEO and TCGA

      1 条回复 最后回复 回复 引用 0
      • A
        anneng 最后由 anneng 编辑

        https://www.nature.com/articles/s41598-019-43935-8
        GREIN: An Interactive Web Platform for Re-analyzing GEO RNA-seq Data

        https://github.com/uc-bd2k/GREP2
        GEO RNA-seq Experiments Processing Pipeline 一个R实现的pipeline 处理了geo的数据

        7e721203-6093-415d-837a-336c9554fac8-image.png

        0bfdd84a-0873-4279-9e50-8bea5cc223a8-image.png

        1 条回复 最后回复 回复 引用 0
        • A
          anneng 最后由 编辑

          https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/10/21/geo-sra-dbgap-tracks-genome-data-viewer/
          View GEO, SRA, or dbGaP data tracks in NCBI’s Genome Data Viewer

          1 条回复 最后回复 回复 引用 0
          • A
            anneng 最后由 编辑

            https://www.researchgate.net/publication/275970472_Investigation_into_the_annotation_of_protocol_sequencing_steps_in_the_Sequence_Read_Archive
            SRA的表设计

            1 条回复 最后回复 回复 引用 0
            • A
              anneng 最后由 anneng 编辑

              https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2308-x
              BART: bioinformatics array research tool

              1 条回复 最后回复 回复 引用 0
              • A
                anneng 最后由 anneng 编辑

                https://github.com/zhujack/GEOmetadb/
                1728fca2-6c5a-47a4-9e3b-2c19f12dc019-image.png

                1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                • A
                  anneng 最后由 编辑

                  GEORAC: an RNA-seq Atlas Constructor for the
                  Gene Expression Omnibus
                  https://dc.uwm.edu/cgi/viewcontent.cgi?article=2880&context=etd

                  1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                  • A
                    anneng 最后由 编辑

                    https://biopython.org/docs/1.75/api/Bio.Geo.html

                    1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                    • A
                      anneng 最后由 编辑

                      https://www.nature.com/articles/sdata2017125
                      Precision annotation of digital samples in NCBI’s gene expression omnibus
                      http://stargeo.org/ 对GEO的所有样本做了标签化注释

                      1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                      • A
                        anneng 最后由 编辑

                        https://academic.oup.com/bioinformatics/article/28/8/1184/194911
                        RNA-Seq Atlas—a reference database for gene expression profiling in normal tissue by next-generation sequencing

                        1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          https://medicalgenomics.org/rna_seq_atlas

                          1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                          • A
                            anneng 最后由 anneng 编辑

                            https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC6333964/
                            Restructured GEO: restructuring Gene Expression Omnibus metadata for genome dynamics analysis
                            http://www.regeo.org
                            对GEO做了文本挖掘增加了时间线和疾病功能
                            0d6fd331-fb50-4fa3-ae26-72e3236b1696-image.png

                            49527563-17ad-4750-a440-6e303df62e40-image.png

                            1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                            • A
                              anneng 最后由 anneng 编辑

                              https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-018-0490-8
                              Mining data and metadata from the gene expression omnibus
                              对GEO数据的挖掘做了详细分析
                              里面提到了一些二次挖掘的工具列表
                              https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-018-0490-8/tables/1
                              9f95cacb-3ab4-497b-b264-cd90db537f6f-image.png

                              metadata的三种提炼思路：
                              e605dda9-aef3-4dc0-908d-1eb7833fef5c-image.png

                              1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                              • A
                                anneng 最后由 anneng 编辑

                                https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC3531084/

                                GEO的描述论文
                                476dfd3c-118e-4abb-9eb8-17f735d2b1fc-image.png

                                1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                • A
                                  anneng 最后由 anneng 编辑

                                  一些可以用的git库

                                  https://github.com/guma44/GEOparse
                                  python实现 对标geoquery

                                  https://github.com/jasdumas/shinyGEO

                                  1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                  • A
                                    anneng 最后由 编辑

                                    https://hepseq.org/a-content-based-dataset-recommendation-system-for-researchers-a-case-study-on-gene-expression-omnibus-geo-repository/

                                    1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                    • A
                                      anneng 最后由 编辑

                                      https://imageo.genyo.es/#
                                      对GEO进行meta-analysis分析
                                      28bbb206-75be-4697-af97-f51ea331bce4-image.png

                                      1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                      • First post
                                        Last post
                                      Powered by 暗能星系