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      anneng 最后由 编辑

      https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ug/working-with-geo-series-data.html

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      • A
        anneng 最后由 anneng 编辑

        Does GEO store raw data?
        Yes. GEO requires raw data, processed data and metadata. Raw data facilitates the unambiguous interpretation of the data and potential verification of conclusions. For microarray data, raw data may be supplied either within the Sample record data tables or as external supplementary data files, e.g., Affymetrix CEL. For high-throughput sequencing, GEO brokers the complete set of raw data files, e.g., FASTQ, to the SRA database on your behalf.

        GEO如果存的是NGS数据 那么原始数据在SRA上
        如何关联GEO和SRA？
        https://www.researchgate.net/figure/The-GEO-and-SRA-simple-search-interface-and-search-results-A-The-Simple-Search_fig1_337316408

        http://homer.ucsd.edu/homer/basicTutorial/retrieveFiles.html

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          anneng 最后由 编辑

          https://github.com/s-andrews/sradownloader
          A script to make downloading of SRA/GEO data easier

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            anneng 最后由 编辑

            https://hbctraining.github.io/Accessing_public_genomic_data/lessons/downloading_from_SRA.html

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              anneng 最后由 编辑

              https://www.qlucore.com/import-and-analyze-public-data-from-sra-geo-and-tcga
              Import and analyze public data from SRA, GEO and TCGA

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              • A
                anneng 最后由 anneng 编辑

                https://www.nature.com/articles/s41598-019-43935-8
                GREIN: An Interactive Web Platform for Re-analyzing GEO RNA-seq Data

                https://github.com/uc-bd2k/GREP2
                GEO RNA-seq Experiments Processing Pipeline 一个R实现的pipeline 处理了geo的数据

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                  anneng 最后由 编辑

                  https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/10/21/geo-sra-dbgap-tracks-genome-data-viewer/
                  View GEO, SRA, or dbGaP data tracks in NCBI’s Genome Data Viewer

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                  • A
                    anneng 最后由 编辑

                    https://www.researchgate.net/publication/275970472_Investigation_into_the_annotation_of_protocol_sequencing_steps_in_the_Sequence_Read_Archive
                    SRA的表设计

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                    • A
                      anneng 最后由 anneng 编辑

                      https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2308-x
                      BART: bioinformatics array research tool

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                      • A
                        anneng 最后由 anneng 编辑

                        https://github.com/zhujack/GEOmetadb/
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                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          GEORAC: an RNA-seq Atlas Constructor for the
                          Gene Expression Omnibus
                          https://dc.uwm.edu/cgi/viewcontent.cgi?article=2880&context=etd

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                          • A
                            anneng 最后由 编辑

                            https://biopython.org/docs/1.75/api/Bio.Geo.html

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                            • A
                              anneng 最后由 编辑

                              https://www.nature.com/articles/sdata2017125
                              Precision annotation of digital samples in NCBI’s gene expression omnibus
                              http://stargeo.org/ 对GEO的所有样本做了标签化注释

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                              • A
                                anneng 最后由 编辑

                                https://academic.oup.com/bioinformatics/article/28/8/1184/194911
                                RNA-Seq Atlas—a reference database for gene expression profiling in normal tissue by next-generation sequencing

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                                • A
                                  anneng 最后由 编辑

                                  https://medicalgenomics.org/rna_seq_atlas

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                                  • A
                                    anneng 最后由 anneng 编辑

                                    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC6333964/
                                    Restructured GEO: restructuring Gene Expression Omnibus metadata for genome dynamics analysis
                                    http://www.regeo.org
                                    对GEO做了文本挖掘增加了时间线和疾病功能
                                    0d6fd331-fb50-4fa3-ae26-72e3236b1696-image.png

                                    49527563-17ad-4750-a440-6e303df62e40-image.png

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                                      anneng 最后由 anneng 编辑

                                      https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-018-0490-8
                                      Mining data and metadata from the gene expression omnibus
                                      对GEO数据的挖掘做了详细分析
                                      里面提到了一些二次挖掘的工具列表
                                      https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-018-0490-8/tables/1
                                      9f95cacb-3ab4-497b-b264-cd90db537f6f-image.png

                                      metadata的三种提炼思路：
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                                        anneng 最后由 anneng 编辑

                                        https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC3531084/

                                        GEO的描述论文
                                        476dfd3c-118e-4abb-9eb8-17f735d2b1fc-image.png

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                                          anneng 最后由 anneng 编辑

                                          一些可以用的git库

                                          https://github.com/guma44/GEOparse
                                          python实现 对标geoquery

                                          https://github.com/jasdumas/shinyGEO

                                          1 条回复 最后回复 回复 引用 0
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                                            anneng 最后由 编辑

                                            https://hepseq.org/a-content-based-dataset-recommendation-system-for-researchers-a-case-study-on-gene-expression-omnibus-geo-repository/

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