SARS-CoV-2 discovery and surveillance

zhanglu

命令介绍：

1. 质量控制 （srynobio/fastp:latest）
    fastp -i SRR11954304.fastq.gz -o SRR11954304_fastp.fastq
2. 去除宿主 （trinityrnaseq/trinityrnaseq:latest）

    bowtie2 -p 15 -x /ceph_disk2/data/tmp/index -U SRR12045797.fastq -S a.sam
    samtools view -bS -F 4 a.sam > a.bam
    samtools sort a.bam -o a.sorted.bam
    samtools index a.sorted.bam
    samtools fastq a.sorted.bam > a.fq 

3. 转录组组装软件（trinityrnaseq/trinityrnaseq:latest）
    Trinity --seqType fq --max_memory 100G --single a.fq


4. 分类 （ncbi/blast:2.12.0）
        (nanozoo/diamond：latest）

    diamond makedb  --in Trinity.fasta -d Trinity
    diamond blastx -d Trinity -q Trinity.fasta -o t1


    makeblastdb -in Trinity.fasta -dbtype prot -title Trinity -out Trinity
    blastx -db test  -query Trinity.fasta -out test.out 
    blastn -db test  -query Trinity.fasta -out test.out 

5. 多序列比对：(staphb/mafft:latest)
    MAFFT 
    mafft --maxiterate 100  sample.fasta > result.fa
    python trans.py result.fa result.phy
6. 系统发育和进化分析(biocontainers/raxml:v8.2.12dfsg-1-deb_cv1)
    RAxML
    raxmlHPC -d -p 12345 -m GTRGAMMAI -s result.phy -n txt

参考文献： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7929396/#ref33