使用 UNITE ITS 参考序列训练 QIIME2 分类器

zhangfanglin

使用 UNITE ITS 参考序列训练 QIIME2 分类器

下载 UNITE QIIME 格式的参考序列和分类文件。

qiime相关下载地址：
https://unite.ut.ee/repository.php

wget https://files.plutof.ut.ee/public/orig/98/AE/98AE96C6593FC9C52D1C46B96C2D9064291F4DBA625EF189FEC1CCAFCF4A1691.gz

解压。下载的文件实际上是一个 tar.gz 文件，所以需要解压：

tar xzf 98AE96C6593FC9C52D1C46B96C2D9064291F4DBA625EF189FEC1CCAFCF4A1691.gz

进入开发者目录。

cd sh_qiime_release_04.02.2020/developer/

修复阻止将参考序列导入 QIIME2 的格式错误。有干扰的空格，可能还有一些需要转换为大写的小写字母。

awk '/^>/ {print($0)}; /^[^>]/ {print(toupper($0))}' sh_refs_qiime_ver8_99_04.02.2020_dev.fasta | tr -d ' ' > sh_refs_qiime_ver8_99_04.02.2020_dev_uppercase.fasta

将 UNITE 参考序列导入 QIIME2。

qiime tools import \
--type FeatureData[Sequence] \
--input-path sh_refs_qiime_ver8_99_04.02.2020_dev_uppercase.fasta \
--output-path unite-ver8-seqs_99_04.02.2020.qza

导入分类文件。

qiime tools import \
--type FeatureData[Taxonomy] \
--input-path sh_taxonomy_qiime_ver8_99_04.02.2020_dev.txt \
--output-path unite-ver8-taxonomy_99_04.02.2020.qza \
--input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat

训练分类器。

qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
--i-reference-reads unite-ver8-seqs_99_04.02.2020.qza \
--i-reference-taxonomy unite-ver8-taxonomy_99_04.02.2020.qza \
--o-classifier unite-ver8-99-classifier-04.02.2020.qza