chip-seq

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1.chipseq介绍
https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/lessons/05_peak_calling_macs.html

https://angus.readthedocs.io/en/2019/chip-seq.html

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测试数据：
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286740800617X

该测试省略了质控QC 步骤参考七桥的过程把QC和去重也加上。
1.构建参考基因组索引
系统要内置人类和鼠的参考基因组

bowtie2-build mm10.fa mm10

2.比对
chip-seq通常有个对照样本但是这个对照样本是可选的我们在流程中设定为可选步骤

bowtie2 -x mm10 -U SRR002012_Oct4.fastq -S Oct4.sam -p 6
samtools sort Oct4.sam -O Oct4_sorted.bam
bowtie2 -x mm10 -U SRR001996_GFP_Control.fastq -S GFP.sam -p 6
samtools sort GFP.sam -o GFP_sorted.bam

3.call peak
name、gsize、tsize暴露为参数

macs2 callpeak -t Oct4_sorted.bam -c GFP_sorted.bam --format=BAM --name=Oct4 --gsize=138000000 --tsize=26

该流程的结果可视化可以直接使用IGV 查看bed文件

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(Focus computational biology series) Bardet, Anaïs F._ Mifsud, Borbala_ Zarnack, Katharina - Practical guide to ChIP-seq_ data analysis-CRC Press (2019).pdf

本书附件
https://anaisbardet.cnrs.fr/practical-guide-to-chip-seq-data-analysis/

documents-export-2022-08-17.zip

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3828144/
Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data