使用pysam处理bam文件

ice-melt

安装依赖

pip install pysam==0.19.1

使用示例及说明

# 读取文件
with pysam.AlignmentFile(file, mode) as reader:
    for r in reader:
        # 可以通过循环遍历bam中的每一行
        print(r) # r中包含很多属性,具体可以通过调试查看

注意:

当文件为 .bam 文件时, mode= "rb"
当文件为 .sam 文件时, mode= "r"
当文件为 CRAM 文件时, mode= "rc"

# 当文件包含索引时,可以读取特定区域
for r in reader.fetch('chrM', 300, 310)：
    print(r)

# 获取比对到指定碱基的结果,且碱基质量>30
for pileupcolumn in reader.pileup("chrM", 300, 301):
    for read in [al for al in pileupcolumn.pileups if al.alignment.mapq>30]:
        if not read.is_del and not read.is_refskip:
            if read.alignment.pos + 1 == 301:
                print(read.alignment.reference_name,\
                      read.alignment.pos + 1,\
                    read.alignment.query_sequence[read.query_position])

注意:

pysam中碱基位置都是从0开始计算
read.alignment与前述r是相同的对象实例