应用商店-流程仓库入参讨论
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参会人员:王超、张渌、张方琳。
问题:
- 1、入参问题支撑(流程层面入参)
- 2、后续如何获取流程与docker关系
讨论结果:
- 1、流程入参根据现有的状态进行管理,入参模板:(16795408397113.json )点击进行下载。
(1)、后续wdl,cwl上传方式:如果想使用线下的input.json,优先上传流程文件,再上传入参文件,如果不想使用线下维护的文件入参文件无需上传。
(2)、Nextflow上传方式,必须优先上传入参文件,然后上传nf文件(上传同时进行dag解析,必须包含input文件),得到dag后台进行转成CWL语法,进行渲染。 - 2、流程与docker关系维护,目前cwl、wdl可通过现有的方法进行获取,Nextflow的文件后续在考虑app列表识别。
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注释:
docker:docker地址
appname:软件名称
value:数据值
type:参数类型(input输入,output输出)
default:默认值
title:软件名称(中)
description:介绍
category:入参类型{ name: '项目文件', value: 'project_param' }, { name: '元数据文件', value: 'metadata' }, { name: '元数据指定列', value: 'metadata_item' }, { name: '公共文件数据', value: 'public_file_param' }, { name: '公共数据库', value: 'public_database' }, { name: '系统参数', value: 'system_parameter' }, { name: '其他参数', value: 'parameter' },data_type:数据库类型
{ name: 'Array[String]', value: 'Array[String]' }, { name: 'Array[Int]', value: 'Array[Int]' }, { name: 'Array[Float]', value: 'Array[Float]' }, { name: 'Array[File]', value: 'Array[File]' }, { name: 'String', value: 'String' }, { name: 'Int', value: 'Int' }, { name: 'Float', value: 'Float' }, { name: 'File', value: 'File' }, { name: 'Boolean', value: 'Boolean' }, { name: 'Enum', value: 'Enum' },options:枚举选项值
rule:正则验证参数
file_types:入参文件要求
is_quick_parameter:是否为便捷参数(快速启动用)
is_required:是否是必选