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      anneng 最后由 编辑

      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud-based-examples/

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      • A
        anneng 最后由 anneng 编辑

        https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.pdf
        SRAdb

        https://github.com/seandavi/SRAdb
        https://www.researchgate.net/publication/275970472_Investigation_into_the_annotation_of_protocol_sequencing_steps_in_the_Sequence_Read_Archive
        1387302d-0431-4527-9719-f15f41b3d9bb-image.png

        https://github.com/saketkc/pysradb

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-14-19
          SRAdb: query and use public next-generation sequencing data from within R

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          • A
            anneng 最后由 编辑

            pysradb: A Python package to query next-generation sequencing metadata and data from NCBI Sequence Read Archive.

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            • A
              anneng 最后由 anneng 编辑

              https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/submitmeta/
              a18494c0-b11e-49b5-b625-4a9195fb99a1-image.png
              SRA的数据趋势：
              https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sragrowth/
              0c6ce379-9a3a-43bd-914b-c6fba1359b99-image.png

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              • A
                anneng 最后由 anneng 编辑

                https://linsalrob.github.io/ComputationalGenomicsManual/Databases/SRA.html
                SRA的基本概念
                7eefa4f5-0643-4389-bc14-d3fa0aafa64a-image.png
                SRA 操作手册：
                https://www.ncbi.nlm.nih.gov/core/assets/sra/files/Factsheet_SRA.pdf

                https://hbctraining.github.io/Accessing_public_genomic_data/lessons/downloading_from_SRA.html
                2013e181-7489-486f-82ae-180b0226819b-image.png
                GEO和SRA的联动
                185d82ad-3892-4f77-aecf-842ecb7c1357-image.png

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                • A
                  anneng 最后由 编辑

                  metadata 表的字段
                  https://edwards.flinders.edu.au/sra-attributes/

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                  • A
                    anneng 最后由 编辑

                    https://github.com/linsalrob/SRA_Metadata

                    SRA metadata的解析 将xml转换为JSON

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                    • A
                      anneng 最后由 编辑

                      https://github.com/seandavi/SRAdbV2
                      The data served by the SRAdbV2 package are processed in the following steps.

                      Parse SRA XML files into json format (nearly lossless)
                      Use Apache Spark to transform the data
                      Load the data from Apache Spark into an ElasticSearch backend
                      Provide access to the data via a serverless, swagger-based API

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                      • A
                        anneng 最后由 编辑

                        https://github.com/NCBI-Hackathons/MetadataTable

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                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          https://github.com/inutano/sra_metadata_toolkit

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                          • A
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                            https://github.com/louiejtaylor/grabseqs
                            https://github.com/jfear/sramongo

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                            • A
                              anneng 最后由 编辑

                              https://seandavi.github.io/SRAdbV2/
                              The data served by the SRAdbV2 package are processed in the following steps.

                              Parse SRA XML files into json format (nearly lossless)
                              Use Apache Spark to transform the data
                              Load the data from Apache Spark into an ElasticSearch backend
                              Provide access to the data via a serverless, swagger-based API

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                              • A
                                anneng 最后由 编辑

                                https://academic.oup.com/nar/article/48/D1/D776/5626530?login=false
                                3adbfc4a-95b2-4d8f-9171-1d108598281d-image.png
                                Xenbase: deep integration of GEO & SRA RNA-seq and ChIP-seq data in a model organism database

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                                • A
                                  anneng 最后由 anneng 编辑

                                  https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0077910

                                  整合SRA GEO Pubmed
                                  088abcbb-9a0e-480c-91ab-3207688ad3f3-image.png
                                  b1a793a1-5ea1-4878-912b-1fcb234cdf22-image.png

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                                    anneng 最后由 编辑

                                    https://metasra.biostat.wisc.edu/?species=human&assay=RNA-seq
                                    e2c3726f-b830-4270-a5c8-a7c2d6bfb21b-image.png

                                    https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/18/2914/3848915?login=false

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