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      anneng 最后由 anneng 编辑

      https://linsalrob.github.io/ComputationalGenomicsManual/Databases/SRA.html
      SRA的基本概念
      7eefa4f5-0643-4389-bc14-d3fa0aafa64a-image.png
      SRA 操作手册：
      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/core/assets/sra/files/Factsheet_SRA.pdf

      https://hbctraining.github.io/Accessing_public_genomic_data/lessons/downloading_from_SRA.html
      2013e181-7489-486f-82ae-180b0226819b-image.png
      GEO和SRA的联动
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      • A
        anneng 最后由 编辑

        metadata 表的字段
        https://edwards.flinders.edu.au/sra-attributes/

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          https://github.com/linsalrob/SRA_Metadata

          SRA metadata的解析 将xml转换为JSON

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          • A
            anneng 最后由 编辑

            https://github.com/seandavi/SRAdbV2
            The data served by the SRAdbV2 package are processed in the following steps.

            Parse SRA XML files into json format (nearly lossless)
            Use Apache Spark to transform the data
            Load the data from Apache Spark into an ElasticSearch backend
            Provide access to the data via a serverless, swagger-based API

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            • A
              anneng 最后由 编辑

              https://github.com/NCBI-Hackathons/MetadataTable

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              • A
                anneng 最后由 编辑

                https://github.com/inutano/sra_metadata_toolkit

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                • A
                  anneng 最后由 编辑

                  https://github.com/louiejtaylor/grabseqs
                  https://github.com/jfear/sramongo

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                  • A
                    anneng 最后由 编辑

                    https://seandavi.github.io/SRAdbV2/
                    The data served by the SRAdbV2 package are processed in the following steps.

                    Parse SRA XML files into json format (nearly lossless)
                    Use Apache Spark to transform the data
                    Load the data from Apache Spark into an ElasticSearch backend
                    Provide access to the data via a serverless, swagger-based API

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                    • A
                      anneng 最后由 编辑

                      https://academic.oup.com/nar/article/48/D1/D776/5626530?login=false
                      3adbfc4a-95b2-4d8f-9171-1d108598281d-image.png
                      Xenbase: deep integration of GEO & SRA RNA-seq and ChIP-seq data in a model organism database

                      1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                      • A
                        anneng 最后由 anneng 编辑

                        https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0077910

                        整合SRA GEO Pubmed
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                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          https://metasra.biostat.wisc.edu/?species=human&assay=RNA-seq
                          e2c3726f-b830-4270-a5c8-a7c2d6bfb21b-image.png

                          https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/18/2914/3848915?login=false

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