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    布鲁氏菌分析

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      anneng 最后由 编辑

      4.4 单菌拼接分析软件
      4.4.1图形化操作界面,无需命令行输入,从下机数据到结果报告仅需一键式操作,无需专业生物信息学知识;
      4.4.2软件内嵌服务器,软硬件完美搭配,计算能力高效;
      4.4.3 功能:对菌株进行基因组测序,对其进行遗传学层面的分析,适用于分离培养菌株的测序原始数据的分析,包括质控、拼接和基因注释;
      4.4.4 对双端测序结果进行分析,对含有不确定碱基、读段中含有低质量值碱基、读段中含有接头序列等测序数据进行质量控制;
      4.4.5 可对菌株进行结构预测,非编码RNA序列注释,核糖体RNA注释,转运RNA注释,小RNA注释;
      4.4.6 具有耐药、抗性基因和质粒注释统计:可通过预测得到的基因和功能基因数据库做比对,获得目标菌株的基因注释功能,包含KEGG数据库、VFDB毒力因子数据库,CARD抗性基因数据库,COG直系同源蛋白数据库,抗性基因以柱状图显示丰度;
      4.4.7 具有细菌基因组拼接结果导出功能;
      4.4.8数据库整合超过8000种水平微生物的基因组序列,超过15000种种水平微生物的分类标记基因序列;
      4.4.9直接识别关键位点的变异;结合从头组装和比对参考序列两种算法,结果更可靠;动态展示reads比对和覆盖情况;提供后续个性化数据分析服务;
      4.4.10下机数据自动完成布鲁氏菌全基因组序列拼接;自动生成布鲁氏菌基因组溯源进化树;用户可以自主添加序列信息,从而生成新的进化树;数据结果自动生成布鲁氏菌地区特异性亚型注释,无需进行二次分析;
      4.4.11对布鲁氏菌进行基因组测序后,能够利用布鲁氏菌基因组多套核心基因集进行分子分型。
      4.4.12基因组测序后,能够对测序结果进行初步质控,对含有不确定碱基、读段中含有低质量值碱基、读段中含有接头序列等测序数据进行质量评估并进行清洗;
      4.4.13 能够对基因组进行质量评估,能够对布鲁氏菌基因组进行基因预测并做基因注释;
      4.4.14 能够进行布鲁氏菌拼接结果导出;
      4.4.15 能够对布鲁氏菌进行耐药基因、抗性基因和质粒进行注释和统计;
      4.4.16 软件具有国家版权局颁发的计算机软件著作权登记证书;
      4.5宏基因组未知病原分析软件
      4.5.1从下机数据到结果报告仅需一键式操作,操作界面具有图形界面,按钮式操作,易用性强,无需掌握Linux命令和编程语言,无需专业生物信息学知识;
      4.5.2宿主数据库至少包含人、猪、山羊、绵羊、小鼠、大鼠、鲤鱼、家鹅、鸡、鸭、牛、猫、狗、兔宿主数据;同时,支持定制化开发更多宿主物种;;
      4.5.3可自动计算覆盖度和深度,有效去除假阳性;既可单独对RNA的宏转录组测序数据进行分析,也可单独对DNA的宏基因组测序数据进行分析,还能同时对样本的RNA宏转录组以及DNA宏基因组测序数据进行分析,能解决背景微生物的干扰,对样本进行更加准确的病原微生物鉴定,并找出活跃表达的致病性微生物;
      4.5.4 可同时检测≥8000种病毒,≥9000种支原体和细菌,≥2000种真菌,≥12种寄生虫;内含≥300种常见病原注释信息,并且用户可自定义加入病原,有利于常见病原的识别
      4.5.5提供结果数据的reads数目做图统计功能,相对reads做图统计功能,物种树分析功能
      4.5.6提供结果报告图片和病原拼接序列结果的导出功能,用于未知病原体鉴定;软件内嵌服务器,软硬件完美搭配,计算能力高效;
      4.5.7 可兼容二代测序和三代测序的下机数据,实现二代测序联合三代测序数据分析功能,更适合细菌基因组拼接;
      4.5.8软件具有国家版权局颁发的计算机软件著作权登记证书;
      4.6扩增子分析软件
      4.6.1图形化操作界面,无需命令行输入,从下机数据到结果报告仅需一键式操作,无需专业生物信息学知识;
      4.6.2软件内嵌服务器,软硬件完美搭配,计算能力高效;
      4.6.3分析结果中包含样品中含有何种微⽣物;
      4.6.4分析结果包含样品中微⽣物的序列数, 即各种微⽣物的相对丰度;
      4.6.5提供界门纲⽬科属种七个级别的群落结构组成柱状图;
      4.6.6提供Alpha 多样性图形化分析结果;
      4.6.7提供基于 OTU 和进化树的⽣物种类对环境异质性的反应的Beta 多样性图形化分析结果;
      4.6.8提供OTU 聚类及物种信息注释;
      4.6.9提供OTU 序列及物种信息表格;
      4.6.10软件具有国家版权局颁发的计算机软件著作权登记证书;
      4.4 单菌拼接分析软件
      4.4.1图形化操作界面,无需命令行输入,从下机数据到结果报告仅需一键式操作,无需专业生物信息学知识;
      4.4.2软件内嵌服务器,软硬件完美搭配,计算能力高效;
      4.4.3 功能:对菌株进行基因组测序,对其进行遗传学层面的分析,适用于分离培养菌株的测序原始数据的分析,包括质控、拼接和基因注释;
      4.4.4 对双端测序结果进行分析,对含有不确定碱基、读段中含有低质量值碱基、读段中含有接头序列等测

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        anneng 最后由 编辑

        您好!青海省地方病预防控制所的2022年度省级布病防治实验室及重点监测县布病防控能力提升项目将于2022年8月9日开标,附件为授权书格式,以下为本次招标文件的要求文件,所有文件请帮忙将扫描件先发给我,纸质版请寄到:陕西省西安市雁塔区曲江大道167号龙湖紫都城速递易,李魏强18092945052。多谢!
        1、授权书(必须有); 
        2、营业执照复印件; 
        3、制造商的资格声明、公司简介; 
        4、技术白皮书、质量管理体系认证证书(ISO9001)、环境管理体系认证证书(ISO14001)、职业健康管理体系认证证书(18001)、国家强制性认证(3C认证)、CE认证、FDA认证和质量保证书; 
        5、完整的产品检测报告; 
        6、投标产品专利技术; 
        7、产品列入政府采购环保产品清单和政府采购节能产品清单的,提供入围产品所属期、所在页的截图作为证明材料; 
        8、制造厂商小型、微型企业声明函; 
        9、售后服务承诺条款证明原件;(必须有); 
        10、进口设备原产地证明文件;(进口设备必须有、国产设备不用管); 
        11、产品价格及技术参数响应情况(回复至邮件); 
        12、产品原始彩页资料各1份、每页请加盖红章。  
        请贵公司将以上资料加盖红章后,扫描后回复至我的电子邮箱。谢谢!

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401022000158

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            anneng 最后由 编辑

            https://github.com/B-UMMI/INNUca
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