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    基于qiime2的扩增子数据分析

    微生物组分析
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      anneng 最后由 编辑

      https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-020-03591-6
      DADA2 Deblur CD-HIT-OTU-Miseq的对比：
      Deblur 只能支持单端 必须进行R1、R2的合并
      DADA2 内部本身就会合并

      https://github.com/ydkondratenko/cdsnake
      http://weizhong-lab.ucsd.edu/cd-hit-otu/

      https://www.biorxiv.org/content/10.1101/153783v1.full
      CD-HIT-OTU-MiSeq, an Improved Approach for Clustering and Analyzing Paired End MiSeq 16S rRNA Sequences
      70036dd0-6a9f-40ef-b20d-27483f736fc4-image.png

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      • A
        anneng 最后由 anneng 编辑

        NIHMS782534-supplement-1.pdf
        f58dd7ce-2d0a-4c3b-95c8-976abdb2b8f0-image.png
        为了排除测序误差 OTU采用聚类的方式(97%相似度) 但是也会把真正的突变给排除掉
        DADA2 R package implements the full amplicon workflow: filtering, dereplication, chimera identification, and merging paired-end reads.
        DADA2 本身是个流程 做了很多事情 其中有一个就是把R1、R2做了合并。

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          https://edu.omicslogic.com/blog/16s-rna-amplicon-data-analysis-dada2-on-t-bioinfoserver?utm_campaign=T-Bio Info Server&utm_content=212683594&utm_medium=social&utm_source=linkedin&hss_channel=lcp-27253342
          3c0844f9-8f04-4943-a2b8-532b3f73e4f3-image.png

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          • A
            anneng 最后由 编辑

            python -m pdb /home/jynlix/miniconda3/envs/qiime2-2022.2/bin/qiime diversity alpha-group-significance --i-alpha-diversity ace.qza --m-metadata-file metadata2.tsv --o-visualization alpha.ace.qzv --verbose

            qiime2代码调试
            1.要使用全路径
            2.要加上--verbose 否则pdb的打印也会被重定向
            3.然后可以使用“文件名:行号”打断点
            b /home/jynlix/miniconda3/envs/qiime2-2022.2/lib/python3.8/site-packages/q2_diversity/_alpha/_visualizer.py:35

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            • A
              anneng 最后由 编辑

              https://hackmd.io/@MAE-MBL/HylpoaOF5 qiime2的一个帖子 讲的比较好

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              • A
                anneng 最后由 编辑

                https://www.youtube.com/watch?v=g5BdGP4V5YA
                关于rarefy的解释

                1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                • A
                  anneng 最后由 编辑

                  https://forum.qiime2.org/t/whats-the-difference-between-and-g-in-greengene-database/17615

                  S__ 和__的区别

                  1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                  • A
                    anneng 最后由 编辑

                    https://bioinformaticsworkbook.org/dataAnalysis/Metagenomics/Qiime2.html#gsc.tab=0

                    1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                    • A
                      anneng 最后由 编辑

                      https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.09.15.460495v2.full.pdf
                      Tourmaline: a containerized workflow for rapid and
                      iterable amplicon sequence analysis using QIIME 2
                      and Snakemake
                      使用snakemake对qiime2做了自动化

                      1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                      • A
                        anneng 最后由 anneng 编辑

                        https://colab.research.google.com/github/Gibbons-Lab/isb_course_2020/blob/master/16S.ipynb#scrollTo=h3NALJ7u6mBP

                        使用Colab来运行Qiime2
                        ca7766ac-8224-4e29-a739-484290c0e7a1-image.png

                        4166d0cf-56e2-4ab9-bcba-a8011754855f-image.png

                        5f4a99a7-e403-44b1-afb4-6de5d7509358-image.png

                        1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          对于__的问题：
                          qiime的图上会有__;__这种注释
                          4a67e350-a9b9-4b3c-840a-1da8075f37ae-image.png

                          经过查询：
                          850ca6bc-9ad2-479c-a188-fe5693299d7a-image.png
                          数据里面是
                          k__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales 这种级别不够的注释
                          对于级别不够的情况 qiime view 会用__补齐

                          但是注意，s__ p__这种情况数据也是有的 如果需要过滤 可以用
                          qiime taxa filter-table --p-exclude "s__"过滤

                          1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                          • A
                            anneng 最后由 编辑

                            https://www.drive5.com/usearch/manual/qiime_classic.html
                            OTU 表中的数字代表reads数

                            1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                            • A
                              anneng 最后由 编辑

                              DADA2的限制
                              33724111-06e2-45c5-aa3e-2cbc189b42fb-image.png
                              DADA2对于单体序列 无法识别

                              1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                              • A
                                anneng 最后由 编辑

                                https://github.com/benjjneb/dada2/issues/1095
                                dereplication (derepFastq) required?
                                dada2在处理的时候 可以去重 只是为了降低内存消耗？在最后统计丰度的时候 会把重复再计算回来？

                                1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                • A
                                  anneng 最后由 编辑

                                  dyn.load("./src/dada2.so")
                                  Error in dyn.load("./src/dada2.so") :
                                  unable to load shared object '/home/jynlix/Downloads/src/dada2/dada2/./src/dada2.so':
                                  /home/jynlix/Downloads/src/dada2/dada2/./src/dada2.so: undefined symbol: _ZTIN3tbb4taskE

                                  使用gdb 调试dada2时报错 dada2依赖 Rcpp 做多线程 Rcpp 依赖 tbb 需要提前把这个包加载

                                  dyn.load("/home/jynlix/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppParallel/lib/libtbb.so.2", local = FALSE)

                                  1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                  • A
                                    anneng 最后由 编辑

                                    https://btep.ccr.cancer.gov/docs/qiime2/index.html
                                    Microbiome Analysis with QIIME2 教程

                                    1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                    • A
                                      anneng 最后由 编辑

                                      dada2的执行过程:
                                      filterAndTrim 过滤，截取
                                      derepFastq (可选步骤 dada内部会判断 如果没有经过去重 会自己调用这个函数)
                                      learnErrors 这个函数也会调用dada 以 self-consist mode 模式运行
                                      dada 核心步骤 但是 self-consist mode = FALSE

                                      1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                      • A
                                        anneng 最后由 anneng 编辑

                                        https://forum.qiime2.org/t/difference-between-sub-sampling-and-rarefing/18219

                                        sub-sampling and rarefing的对比:
                                        5688a244-9fd7-4071-a031-d2e8a6629c73-image.png 25b2f752-278b-41d6-aa58-cfcc0f403be6-image.png

                                        c96b2b7f-7c63-456b-9890-72071f25e5b4-image.png

                                        sub-sampling可以从sample或者feature的角度 对数据进行过滤 得到的是整个数据的子集。
                                        rarefy是对所有feature的结果进行归一化。

                                        1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                        • A
                                          anneng 最后由 编辑

                                          假如data2的代码保存在 /root/data2
                                          cd /root
                                          R CMD build dada2
                                          会生成dada2.so

                                          1 条回复 最后回复 回复 引用 0
                                          • A
                                            anneng 最后由 编辑

                                            https://hackmd.io/@MAE-MBL/HylpoaOF5#Part-II-In-depth-analysis

                                            这个文章写的不错

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