Nextflow流程

mengpf

bacass-细菌组装和注释

nextflow run bacass/main.nf \
  --input data/bacass_short.tsv \
 --kraken2db /ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/bacass/data/k2_standard_8gb_20210517.tar.gz \
--canu_mode -nanopore \
--dfast_config /ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/bacass/bacass/assets/test_config_dfast.py \
--outdir result \
-profile docker

需要把nextflow_schema.json文件中的save_trimmed_fail参数的enum行删除
kraken2db参数需要下载好数据库，大约5.5G

mengpf

metatdenovo-宏转录组

nextflow run main.nf \
--input /ceph_disk2/data/hongyuan/mnt/data/278/metatdenovo/samplesheet.csv \
--skip_eukulele true

skip_eukulele 一定要设置，不然会报错（官方的bug）
使用nextflow23.04版本跑不出dag文件，23.10版本可以跑出来但是平台不支持

mengpf

ampliseq-扩增子流程

nextflow run ./ampliseq/main.nf \
--input /ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/data/Samplesheet.tsv \
--FW_primer GTGYCAGCMGCCGCGGTAA  \
--RV_primer GGACTACNVGGGTWTCTAAT \
--metadata /ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/data/Metadata.tsv \
--outdir ampliseq-result \
-profile docker

mengpf

quantms

定量质谱工作流程。目前支持具有 DDA-LFQ、DDA-Isobaric 和 DIA-LFQ 定量复杂实验设计的蛋白质组学实验。

nextflow run quantms/main.nf \
--outdir result \
--labelling_type  "label free sample" \
--input  '/ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/quantms/data/BSA_design_urls.tsv' \
--database  '/ceph_disk3/mengpf/work/Project/Nextflow/quantms/data/18Protein_SoCe_Tr_detergents_trace_target_decoy.fasta' \
--posterior_probabilities  "fit_distributions" \
--search_engines  "msgf,comet" \
--decoy_string "rev" \
--add_triqler_output  true \
--protein_level_fdr_cutoff  1.0 \
--psm_level_fdr_cutoff  1.0 \
--acquisition_method  "dda" \
--quantify_decoys  true \
-profile docker