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    通过序列比对的方式构建进化树

    生物信息分析
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      anneng 最后由 anneng 编辑

      conda create aligners

      1.序列比对
      mafft --auto /mnt/hdfs/biodata/FMDV/sequences.fasta > fmdv_all.aln
      2.裁剪
      trimal -in fmdv_all.aln -out fmdv.aln.trimmed
      3.建树
      fasttree -gamma -nt -gtr -out fmdv.tree fmdv.aln.trimmed
      整体下来1小时30分钟 10000多条序列

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