三代测序数据分析
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一，三代测序设备
二，三代测序数据分析
nextdenovo（nextpolish）
last
lastz
cactus
https://nanoporetech.github.io/pomoxis/
三，测序流程
3.1 nanopype
https://nanopype.readthedocs.io/en/latest/
basecalling 碱基发现
Albacore 已过时
Flappie 正在试验
Guppy 当前比较推荐的basecalling方法
Guppy-protocol-GPB_2003_v1_revS_14Dec2018-any.pdf
Guppy GPU server mode
Nanopore GUPPY 3.1.5 basecalling on UBUNTU 18.04 using nvidia docker, RTX 2080 & server mode to share GPU machine as a service _ by Winston Koh _ Medium.pdf3.2 https://timkahlke.github.io/LongRead_tutorials
参考：
１.https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/35/22/4770/5514474?redirectedFrom=fulltext
论文：
btz461_supplementary_data.pdf -
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基因学院的培训：
截止日期：2020年8月31日
IP地址：512.tongyuangene.com
用户名：用户姓名全拼
密码：Pass2020 区分大小写，登陆后可以修改密码）。
windows系统：https://pan.baidu.com/s/1ecu1jxx0DxQH4GIvcRiGvQ 提取码：5566
macos系统： https://pan.baidu.com/s/1iKTqsJIM_-9shuiFnbO2oQ 提取码：5566
更多内容，查看附件文档。
Linux预习课程：https://ke.qq.com/course/481801?taid=4387055690275337&tuin=1c7ef510
请从shell与脚本一节开始看即可。课前准备 -mac电脑.pdf 课前准备-windows电脑.pdf 2-纳米孔宏基因组（初稿） .pdf -
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alignment (Minimap2), variant calling with various tools (Clair, Longshot and Sniffles), and methylation calling (Nanopolish).