下载SRA数据过程记录

ice-melt

SRA数据下载

拆解说明

1）首先肯定是找到一个SRA号啦

2）登录 https://sra-explorer.info/? 网站，输入SRA号进行搜索

3）筛选需要下载的数据，并保存到 datasets 里

4）拷贝脚本命令

5）到装有aspera的服务器上执行

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR828/SRR828261/SRR828261.fastq.gz . && mv SRR828261.fastq.gz SRR828261_The_population_structure_and_recent_colonization_history_of_Oregon_threespine_stickleback_determined_using_RAD-seq.fastq.gz

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR828/SRR828262/SRR828262.fastq.gz . && mv SRR828262.fastq.gz SRR828262_The_population_structure_and_recent_colonization_history_of_Oregon_threespine_stickleback_determined_using_RAD-seq.fastq.gz

脚本批量下载

# vim list.txt ,将SRR号粘贴到文件里，每行一个SRR号

srr_no=$(cat list.txt)
# 指定下载文件夹路径
base_dir="/data_raid1/gene_data/data_archive/radseq_sra070979"


for f in $srr_no
do
        filename=$base_dir/${f}.fastq.gz
        if [ ! -f $filename ];then
                ascp -QT -l 300m -P33001 -i \
                        ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
                        era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/${f:0:6}/${f}/${f}.fastq.gz . 
                echo "download over ${f}"
                if [ ! -f ${f}.fastq.gz ];then
                        echo "ascp raise error"
                else
                        mv ${f}.fastq.gz /data_raid1/gene_data/data_archive/radseq_sra070979/
                        echo "mv success"
                fi
        fi
done

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使用 aspera 下载NCBI ftp中的数据

## 示例1，来自王通的纳米孔宏基因课件                                                                   
.aspera/connect/bin/ascp -i .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
--overwrite=diff -QTr -l 6000m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:blast/db/swissprot.tar.gz ./

## 示例2，来自 https://www.jianshu.com/p/0bff79fcde3d                                                     
ascp -QT \
 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
 -k1 -l 300m \
 anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./

## 示例3，下载烟草参考基因组时使用的命令
ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr -l 6000m \
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:genomes/all/GCF/000/715/135/GCF_000715135.1_Ntab-TN90/GCF_000715135.1_Ntab-TN90_genomic.fna.gz

注意点：

需要正确给出 aspera-license ，在-i后面接license文件，这里是
asperaweb_id_dsa.openssh
ftp 账号要写正确
- NCBI 账号是：anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov
- EBI 公共账号： era-fasp
ftp 地址后面接冒号，然后是ftp文件的具体位置

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@ice-melt

sra数据查询下载

地址： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
使用说明： https://www.jianshu.com/p/680e8d720516