blast c++ toolkit 源码分析和使用

anneng

https://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/ch_intro#ch_intro.intro_time
C++toolkit
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/toolkit
The NCBI C++ Toolkit is a public-domain collection of portable libraries, consisting of a cross-platform application framework and a set of utilities and supporting classes to work with biological data.
C++ 工具箱是一个可移植的基础库，包括跨平台的应用框架和一系列工具，用于处理生物数据。blast+就是基于这个库开发的。

包括的模块及其内部结构：
1.Corelib 模块
核心基础模块，包括如下子模块：

Application Framework

该模块最重要的类是抽象类CNcbiApplication 该类定义了所有应用的生命周期类方法Init(), Run(), and Exit(). 以及AppMain()入口函数。
Argument processing 参数处理
辅助进行参数校验
Diagnostics 诊断
提供日志管理功能，日志可以设置 Information, Warning, Error, Critical, Fatal, or Trace.六种级别。
Environment Interface环境变量
设置和访问环境变量
Files and Directories 文件和目录
封装文件和目录访问类功能
MT Test wrappers 对多线程的封装
CThreadedApp 集成自 CNcbiApplication 提供了线程相关的接口。
Object and Ref classes 对象和引用类
Portability definitions 可移植的通用定义
Int1, Uint1, Int2, Uint2, Int4, Uint4, Int8, Uint8
Portable Exception Handling 可移植的异常处理
Portable Process Pipes 可移植的进程管道
Registry 配置参数管理
STL Use Hints 提供各种可移植的宏定义
如命名空间
BEGIN_NAME_SPACE END_NAME_SPACE
String Manipulations 字符串操作
Template Utilities 模板工具像一些数据结构工具
list, vector, set, multiset, map or multimap
Threads 线程
Time 日期和时间

ALGORITHM 算法模块
主要分三类：
ALIGN:对齐比对算法。A set of global alignment algorithms, including generic Needleman-Wunsch, a linear-space Hirschberg’s algorithm and a spliced (cDna/mRna-to-Genomic) alignment algorithm.
BLAST:Basic局部比对查询算法.(我们重点要用的算法)
SEQUENCE.：不同的关于序列操作的算法 antigenic determinant prediction, CPG-island finder, ORF finder, string matcher and others.
3.CGI(Common Gateway Interface)模块
为编写CGI程序提供支持。主要用来支持HTTP报文的请求和响应。
4.CONNECT 模块
处理网络连接
socket 连接器connector sendmail 线程池
5.ctool模块
为c++ toolkit 和之前旧的 ctool 模块提供转换和桥接。
6.DBAPI 模块（可以看看这个模块是否可以方便的连接HBase）
为访问 RDBMS 提供封装。
7..GUI 模块
本身不提供GUI模块可以集成第三方图形库，推荐 wxWidgets
8.HTML模块
动态生成HTML页面
9.OBJECT MANAGER 对象管理器
为访问序列(如GenBank中的序列)提供工具
10.SERIAL 模块
ASN.1 (text or BER encoding), XML, and JSON 格式处理。
11.UTIL 模块
Lightweight Strings
Range Support
Linked Sets
Random Number Generator
Registry based DNS
Regular Expressions
Resizing Iterator
Rotating Log Streams
Stream Support
String Search
Synchronized and blocking queue
Thread Pools
UTF 8 Conversion

anneng

如何编译 c++ toolkit?
https://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/release_notes#release_notes.MS_Windows
安装编译环境

安装过程中一定要选择windows通用CRT SDK

选择编译范围：
toolkit预置了5个工程，下面前两个为命令行程序后三个为图形界面程序。也可以通过svn导入需要的源码来构建需要的项目。
compilers\vs2017\static\build\ncbi_cpp.sln(我们后面使用这个工程)
compilers\vs2017\dll\build\ncbi_cpp.sln
compilers\vs2017\static\build\gui\ncbi_gui.sln
compilers\vs2017\dll\build\gui\ncbi_gui.sln
compilers\vs2017\dll\build\gbench\ncbi_gbench.sln

打开 ncib_cpp.sln 右键选择_CONFIGURE_ 执行build
CONFIGURE 是一个特殊的project，利用 src....\Makefile.来生成VS项目
Configuring is the process of creating configuration files that define exactly what can be built and what options may be used in the build process. The created configuration files include C headers that define suitable preprocessor macros, as well makefiles (for Unix) or project solutions (for MS Visual C++ or for Xcode) used in the build step.

配置过程中会弹出来下面的对话框选择忽略*

配置涉及的文件主要有：
src\build-system\Makefile.mk.in.msvc
src\build-system\project_tree_builder.ini
src\….\Makefile.*.msvc
scripts\projects*.lst

anneng

toolkit第一次编译的时候就要选择debug或者release 一旦编译一个切换另一个就会失败我们先使用debug进行调试