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    scanpy详细研究

    单细胞分析
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      anneng 最后由 anneng 编辑

      20d672bc-8cde-4f6e-abd7-6de627342553-image.png
      mtx加载到系统后,会生成anndata对象
      c2a5e538-eec2-4727-8d76-3741f9a4e40a-image.png
      var 是一个dataframe 注释的所有的变量(scanpy场景下即为基因)有1列 存储的是gene_ids
      599be9c5-7dda-4784-bd1b-5216c4cae416-image.png

      obs也是一个dataframe 注释的是所有观察样本(scanpy场景下为barcodes 即细胞)该dataframe初始状态下是以barcode为索引的空dataframe
      c0d5c5ec-894e-4f7d-8410-bea777f42a8a-image.png
      X为numpy的一个稀疏矩阵类型(sparse matrix)
      aa4438c3-eefb-410a-944e-68dce26bd0f0-image.png

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        anneng 最后由 编辑

        gene_symbols和gene_ids
        当读取数据的时候 默认设置用基因名还是ID作为列头 实际上scanpy会把这两个的对应关系作为第一个var保存下来 下面是使用gene_ids打开mtx的情况
        e67b672e-505c-4b92-a65b-8785fc609bf9-image.png

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