NGS数据模拟

[anneng]

一，NGSNGS
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/39/1/btad041/6994180?login=false
https://github.com/RAHenriksen/NGSNGS
模拟古DNA
现代DNA
单端
双端
输出格式：.fasta, .fastq and Sequence Alignment/Map formats (.bam,.sam,.cram)
支持导入突变 vcf
感觉这个软件特别强调了古DNA和时间 应该是一帮研究古DNA的人搞出来的

https://grenaud.github.io/gargammel/
gargammel也是模拟古DNA的工具 内部调用了ART

ART NIH的一个官方工具 从介绍看只能模拟二代的数据
https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/index.cfm
http://bioinform.github.io/varsim/ 模拟突变

https://www.nature.com/articles/s41437-022-00577-3

二代的用art 三代的用 pbsim3