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    单细胞数据分析概要

    单细胞分析
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      anneng 最后由 编辑

      https://terra.bio/speed-up-your-machine-learning-work-with-gpus/

      GPU 支持 例子也用的是pegasus

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      • A
        anneng 最后由 编辑

        SingleCellRNASeq_10X_June19.pdf

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          https://rnabioco.github.io/cellar/
          Single-cell RNA-seq Workshop

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          • A
            anneng 最后由 编辑

            数据集
            https://cellxgene.cziscience.com/
            https://www.covid19cellatlas.org/index.patient.html

            https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.19.452956v1
            The Tabula Sapiens: a single cell transcriptomic atlas of multiple organs from individual human donors

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            • A
              anneng 最后由 anneng 编辑

              单细胞类型注释：
              https://www.cellkb.com/
              https://www.biostars.org/p/433235/
              scCATCH(https://github.com/ZJUFanLab/scCATCH)
              SCSA (https://github.com/bioinfo-ibms-pumc/SCSA).
              https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.00490/full
              SCSA: A Cell Type Annotation Tool for Single-Cell RNA-seq Data
              单细胞待解决的问题：
              https://openproblems.bio/

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              • A
                anneng 最后由 编辑

                scapy 培训视频

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                • A
                  anneng 最后由 编辑

                  https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/transcriptomics/tutorials/scrna-scanpy-pbmc3k/tutorial.html

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                  • A
                    anneng 最后由 编辑

                    https://scanpy.discourse.group/t/highly-variable-genes-best-practice/29/5
                    scanpy hvgs
                    You can find our current best-practices in the recent publication here 98. Typically the pre-processing steps in an analysis workflow would be:

                    Cell & Gene QC
                    Normalization
                    Batch correction (or data integration)
                    HVG selection
                    Dimensionality reduction (including visualization)

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                    • A
                      anneng 最后由 编辑

                      https://tertiary-workflows-docs.readthedocs.io/en/v1.0.0/index.html

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                      • A
                        anneng 最后由 编辑

                        https://humancellatlas.usegalaxy.eu/

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                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          https://www.singlecellcourse.org/
                          sanger的单细胞教程

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                          • A
                            anneng 最后由 编辑

                            https://github.com/hbctraining/scRNA-seq

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                            • A
                              anneng 最后由 编辑

                              https://squidpy.readthedocs.io/en/latest/
                              squidpy 空间转录组分析

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                              • A
                                anneng 最后由 编辑

                                单细胞大数据解决方案.pptx

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