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    单细胞数据分析概要

    单细胞分析
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      anneng 最后由 编辑

      SingleCellRNASeq_10X_June19.pdf

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        anneng 最后由 编辑

        https://rnabioco.github.io/cellar/
        Single-cell RNA-seq Workshop

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          数据集
          https://cellxgene.cziscience.com/
          https://www.covid19cellatlas.org/index.patient.html

          https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.19.452956v1
          The Tabula Sapiens: a single cell transcriptomic atlas of multiple organs from individual human donors

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          • A
            anneng 最后由 anneng 编辑

            单细胞类型注释：
            https://www.cellkb.com/
            https://www.biostars.org/p/433235/
            scCATCH(https://github.com/ZJUFanLab/scCATCH)
            SCSA (https://github.com/bioinfo-ibms-pumc/SCSA).
            https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.00490/full
            SCSA: A Cell Type Annotation Tool for Single-Cell RNA-seq Data
            单细胞待解决的问题：
            https://openproblems.bio/

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            • A
              anneng 最后由 编辑

              scapy 培训视频

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              • A
                anneng 最后由 编辑

                https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/transcriptomics/tutorials/scrna-scanpy-pbmc3k/tutorial.html

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                • A
                  anneng 最后由 编辑

                  https://scanpy.discourse.group/t/highly-variable-genes-best-practice/29/5
                  scanpy hvgs
                  You can find our current best-practices in the recent publication here 98. Typically the pre-processing steps in an analysis workflow would be:

                  Cell & Gene QC
                  Normalization
                  Batch correction (or data integration)
                  HVG selection
                  Dimensionality reduction (including visualization)

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                  • A
                    anneng 最后由 编辑

                    https://tertiary-workflows-docs.readthedocs.io/en/v1.0.0/index.html

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                    • A
                      anneng 最后由 编辑

                      https://humancellatlas.usegalaxy.eu/

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                      • A
                        anneng 最后由 编辑

                        https://www.singlecellcourse.org/
                        sanger的单细胞教程

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                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          https://github.com/hbctraining/scRNA-seq

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                          • A
                            anneng 最后由 编辑

                            https://squidpy.readthedocs.io/en/latest/
                            squidpy 空间转录组分析

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                            • A
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                              单细胞大数据解决方案.pptx

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