暗能星系
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      anneng 最后由 anneng 编辑

      https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.pdf
      SRAdb

      https://github.com/seandavi/SRAdb
      https://www.researchgate.net/publication/275970472_Investigation_into_the_annotation_of_protocol_sequencing_steps_in_the_Sequence_Read_Archive
      1387302d-0431-4527-9719-f15f41b3d9bb-image.png

      https://github.com/saketkc/pysradb

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      • A
        anneng 最后由 编辑

        https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-14-19
        SRAdb: query and use public next-generation sequencing data from within R

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        • A
          anneng 最后由 编辑

          pysradb: A Python package to query next-generation sequencing metadata and data from NCBI Sequence Read Archive.

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          • A
            anneng 最后由 anneng 编辑

            https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/submitmeta/
            a18494c0-b11e-49b5-b625-4a9195fb99a1-image.png
            SRA的数据趋势：
            https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sragrowth/
            0c6ce379-9a3a-43bd-914b-c6fba1359b99-image.png

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            • A
              anneng 最后由 anneng 编辑

              https://linsalrob.github.io/ComputationalGenomicsManual/Databases/SRA.html
              SRA的基本概念
              7eefa4f5-0643-4389-bc14-d3fa0aafa64a-image.png
              SRA 操作手册：
              https://www.ncbi.nlm.nih.gov/core/assets/sra/files/Factsheet_SRA.pdf

              https://hbctraining.github.io/Accessing_public_genomic_data/lessons/downloading_from_SRA.html
              2013e181-7489-486f-82ae-180b0226819b-image.png
              GEO和SRA的联动
              185d82ad-3892-4f77-aecf-842ecb7c1357-image.png

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              • A
                anneng 最后由 编辑

                metadata 表的字段
                https://edwards.flinders.edu.au/sra-attributes/

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                • A
                  anneng 最后由 编辑

                  https://github.com/linsalrob/SRA_Metadata

                  SRA metadata的解析 将xml转换为JSON

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                  • A
                    anneng 最后由 编辑

                    https://github.com/seandavi/SRAdbV2
                    The data served by the SRAdbV2 package are processed in the following steps.

                    Parse SRA XML files into json format (nearly lossless)
                    Use Apache Spark to transform the data
                    Load the data from Apache Spark into an ElasticSearch backend
                    Provide access to the data via a serverless, swagger-based API

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                    • A
                      anneng 最后由 编辑

                      https://github.com/NCBI-Hackathons/MetadataTable

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                      • A
                        anneng 最后由 编辑

                        https://github.com/inutano/sra_metadata_toolkit

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                        • A
                          anneng 最后由 编辑

                          https://github.com/louiejtaylor/grabseqs
                          https://github.com/jfear/sramongo

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                          • A
                            anneng 最后由 编辑

                            https://seandavi.github.io/SRAdbV2/
                            The data served by the SRAdbV2 package are processed in the following steps.

                            Parse SRA XML files into json format (nearly lossless)
                            Use Apache Spark to transform the data
                            Load the data from Apache Spark into an ElasticSearch backend
                            Provide access to the data via a serverless, swagger-based API

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                            • A
                              anneng 最后由 编辑

                              https://academic.oup.com/nar/article/48/D1/D776/5626530?login=false
                              3adbfc4a-95b2-4d8f-9171-1d108598281d-image.png
                              Xenbase: deep integration of GEO & SRA RNA-seq and ChIP-seq data in a model organism database

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                              • A
                                anneng 最后由 anneng 编辑

                                https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0077910

                                整合SRA GEO Pubmed
                                088abcbb-9a0e-480c-91ab-3207688ad3f3-image.png
                                b1a793a1-5ea1-4878-912b-1fcb234cdf22-image.png

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                                • A
                                  anneng 最后由 编辑

                                  https://metasra.biostat.wisc.edu/?species=human&assay=RNA-seq
                                  e2c3726f-b830-4270-a5c8-a7c2d6bfb21b-image.png

                                  https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/18/2914/3848915?login=false

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