暗能星系

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    • 免疫组学

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      A

      https://www.sc-best-practices.org/air_repertoire/ir_profiling.html
      56a55e24-8f0e-4b43-a73b-0ee7beaf8d4e-image.png

      VDJ过程
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    • 细胞与基因疗法 cell and gene therapy

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      Definition of Gene Therapy in the EU
      In the EU, the definition of a Gene Therapy Medicinal Product (GTMP) is provided
      in Directive 2009/120/EC amending Directive 2001/83/EC, part IV of Annex I.
      A GTMP means a biological medicinal product that has the following
      characteristics:
      (a) it contains an active substance that contains or consists of a recombinant
      nucleic acid used in or administered to human beings with a view to
      regulating, repairing, replacing, adding or deleting a genetic sequence;
      (b) its therapeutic, prophylactic or diagnostic effect relates directly to the
      recombinant nucleic acid sequence it contains, or to the product of the
      genetic expression of this sequence.
      GTMPs do not include vaccines against infectious diseases.
      Hazel Aranha, Humberto Vega-Mercado - Handbook of Cell and Gene Therapy_ From Proof-of-Concept through Manufacturing to Commercialization-CRC Press (2023).pdf

    • 代谢组学

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      核磁在代谢组学中的应用

      1.核磁共振技术原理
      https://www.youtube.com/watch?v=pUWcXvw1Rsg
      https://www.bilibili.com/video/BV1CU4y1E7xL/?spm_id_from=333.788.recommend_more_video.-1(有中文翻译 比较好)

    • 司法

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      https://bitbucket.org/rirgabiss/mhinngs/src/master/
      MHinNGS is a tool for analysis of microhaplotypes (MHs) in singleend sequencing data obtained through a massive parallel sequencing plattform (MPS). The tool identifies the reads with the MHs and calls the genotypes of the MHs according to the criteria and positions specified in the configuration file. It also searches for additional variants in the region defined by the start and the stop positions specified in the configuration file.
      这个软件的输入是参考序列和原始单端测序的fastq 包括了比对过程 依赖的第三方软件包括
      python 3.6 including pip
      samtools version 1.9
      hisat2 version 2.1.0
      stringtie version 2.0.3
      agrep T.R.E. version 0.8.0
      不支持双端序列

    • 表观遗传学

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      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3828144/
      Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data
      3d1f0fc6-d2ed-4539-9cde-0c03bde51949-image.png

    • 合成生物学

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      https://github.com/mesoscope

    • 植物基因组学

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      参考

      https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531572-Evaluating-the-quality-of-a-germline-short-variant-callset

    • 蛋白组学

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      https://www.sinobiological.com/resource/protein-review/fc-fusion-proteins
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    • 临床生物信息

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      1689181129856.gif

    • 肿瘤NGS数据分析

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      https://civicdb.org/pages/about

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      haplotype phasing
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      RDF OBO OWL
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      https://github.com/OBOAcademy/obook/

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      开放数据
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      常见的生物信息格式转换成统一的parquet文件
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      关于通路的几个数据库和工具
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      基因(蛋白)功能注释和功能富集分析
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      https://reactome.org/docs/training/Pathways_&_Networks_Overview.pdf
      Pathways_&_Networks_Overview.pdf

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      BLAST Databases的大小
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      view-toolkit详细设计
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      https://sql.quacking.cloud/
      https://tobilg.com/using-duckdb-wasm-for-in-browser-data-engineering

      一个duckdb-wasm sql在线工具

    • A

      nextflow项目编译及代码跟踪
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      SRA的多文件问题
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      https://edwards.flinders.edu.au/fastq-dump/
      https://notarocketscientist.xyz/posts/2022-07-26-getting-index-reads-from-sra/

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      mitofish
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      GWAS-pLINK分析
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      ADD (Additive Model):

      这代表加性模型的测试结果,通常是基因型数据的主要分析方法。
      在加性模型中,假设一个等位基因的效应(对表型的影响)是加性的,即不考虑基因间的相互作用。
      在输出中,ADD 行表示单个等位基因变化对表型的影响,即每增加一个特定等位基因,表型(比如疾病风险)如何变化。
      COVAR1 (Covariate):

      这表示单独考虑协变量(例如,年龄、性别)对表型的影响的结果。
      COVAR1 测试的目的是估计协变量本身对表型的影响,而不是基因型。
      这有助于理解和控制这些非遗传因素对研究结果的潜在影响。
      ADDxCOVAR1 (Interaction between Additive Genetic Effect and Covariate):

      这代表基因型(加性效应)和协变量之间交互作用的测试结果。
      该测试旨在评估特定的基因型和协变量(如性别、年龄等)之间是否存在交互作用,这种交互作用是否影响了表型。
      例如,某个基因变体对疾病风险的影响可能在不同年龄或性别的人群中有所不同。
      在解释这些结果时,重要的是要考虑到你的特定研究目标和上下文。ADD 结果通常是最关注的,因为它直接关系到基因型与表型之间的关联。COVAR1 和 ADDxCOVAR1 的结果有助于理解和解释这些基因型-表型关联可能受哪些其他因素的影响。

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      054eadce-9e36-4e40-ba1a-27a5ffa1a2e6-image.png
      https://www.nature.com/articles/s43586-021-00056-9
      Genome-wide association studies
      Nature Reviews Methods Primer的一篇综述 讲了整个GWAS的现状

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      植物GWAS数据分析
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      比较经典的文献
      https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzIyNzIyNTczNA==&action=getalbum&album_id=1538356061521444865&scene=173&subscene=&sessionid=undefined&enterid=0&from_msgid=2247523779&from_itemidx=3&count=3&nolastread=1#wechat_redirect

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      BWA-MEM的加速方案
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      https://docs.rs/fm-index/latest/fm_index/

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      参考基因组
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      CHIP-SEQ相关资料
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      gatk-sv流程相关资料
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      SV结构变异分析
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      @mengpf https://github.com/shangshanzhizhe/Work_flow_of_population_genetics/blob/master/Work_flows/structure_variation.md
      三种软件的使用

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      生信小工具
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      二,富集性分析
      https://www.omicstudio.cn/tool/22
      通用版富集分析.pdf

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